El 5 de diciembre de 2016 Enrique Bonilla, presidente de la Primera División de México, anunció la creación de una liga profesional para mujeres.[1] El 2 de febrero de 2017 José Riestra, Vicepresidente de Santos Laguna, anunció de manera oficial la creación del equipo femenil de la institución en una conferencia de prensa realizada en el Auditorio Orlegi del Territorio Santos Modelo.[2] Se realizaron visorias los días 6, 8 y 10 de febrero en donde participaron más de 1500 mujeres.[3][4]
El equipo tuvo su debut el 3 de mayo de 2017 en un partido de la Copa de la Liga MX Femenil 2017, se enfrentaron ante Necaxa con resultado final de 2-0 a favor de las necaxistas,[5][6] las 11 jugadoras que iniciaron el partido fueron: Diana Sánchez, Karla Martínez, Osmara Camacho, Blanca Rodríguez, Marcela Guerra, Yuliana Adriano, Andrea González, Yahaira Flores, Patricia Torres, Brenda Porras y Susan Polina.[7] En su segundo partido disputado el 4 de mayo obtuvieron su primera victoria al derrotar 3-0 a Cruz Azul, Yuliana Adriano anotó el primer gol en la historia del club al minuto 11 del partido.[8] Al final de la competencia registraron 2 derrotas y una victoria.
El 29 de julio disputaron su primer partido de liga como locales ante León, el resultado fue favorable para las Guerreras por marcador de 2-1 y las titular del encuentro fueron: Jennifer García, María Núñez, Blanca Rodríguez, Marcela Guerra, Ana Yassin, Brenda López, Brenda Guevara, Yahaira Flores, Nancy Quiñones, Aide Pérez y Joseline Hernández.[9] Blanca Rodríguez fue la autora del primer gol oficial en un partido de liga al primer minuto del partido.
Isela Ojeda se convirtió en la primera campeona de goleo de la institución al anotar siete goles en el Clausura 2019.[10]
El 19 de enero de 2021, el club anunció el fallecimiento del entrenador Martín Pérez debido a complicaciones por el COVID-19.[11] Pérez estuvo al mando del equipo desde el Clausura 2020.
Se consideran jugadoras internacionales si han recibido llamado a selecciones nacionales en los últimos 12 meses. Con negritas se muestran aquellas jugadoras que han sido llamadas en la última convocatoria.
El Club Santos Laguna Femenil inicia la era profesional del fútbol femenil en la Copa el miércoles 3 de mayo de 2017, enfrentando a Club Necaxa y cayendo con un marcador de 2 a 0 en el Estadio de la Federación Mexicana de Fútbol.
Las Guerreras inician su participación en la Liga MX Femenil el sábado 29 de julio de 2017 en la cancha alterna del TSM, ganando con un marcador de 2 a 1 ante el Club León. Las anotadoras fueron Blanca Rodríguez (1') y Joseline Hernández (8').