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A continuación se listan los entrenadores del club a lo largo de su historia:
Actualizado a 21 de octubre de 2015 (Sólo contabilizados los partidos de Liga BBVA Bancomer incluye fase regular y liguilla).

Nombre Nac. Desde Hasta Estadísticas
J G E P %
Jorge Marik Bandera de Hungría 6 de junio de 1964 19 de diciembre de 1965 60 17 21 22 45.83%
Walter Ormeño Bandera del Perú 23 de julio de 1966 13 de octubre de 1966 13 3 4 6 38.46%
Raúl Cárdenas Bandera de México 23 de octubre de 1966 29 de junio de 1975 309 155 95 59 65.53%
José Moncebáez Bandera de México 2 de noviembre de 1975 7 de febrero de 1976 15 4 7 4 50%
Jorge Marik Bandera de Hungría 14 de febrero de 1976 24 de julio de 1976 23 11 7 5 63.04%
Alfonso Portugal Bandera de México 11 de septiembre de 1976 27 de noviembre de 1976 12 4 7 1 62.5%
Ignacio Trelles Bandera de México 4 de diciembre de 1976 20 de noviembre de 1982 263 96 120 47 59.32%
Miguel Marín Bandera de Argentina 27 de noviembre de 1982 30 de diciembre de 1982 6 2 2 2 50%
Enrique Meza Bandera de México 9 de enero de 1983 5 de mayo de 1983 19 5 9 5 50%
Alberto Quintano Bandera de Chile 4 de septiembre de 1983 11 de mayo de 1985 82 29 32 21 54.88%
Héctor Pulido Bandera de México 9 de agosto de 1986 11 de junio de 1988 84 32 32 20 57.14%
Manuel Lapuente Bandera de México 16 de octubre de 1988 11 de diciembre de 1988 9 2 3 4 38.89%
Mario Velarde Bandera de México 17 de diciembre de 1988 17 de junio de 1989 29 12 11 6 60.34%
Manuel Lapuente Bandera de México 21 de junio de 1989 16 de julio de 1989 8 4 1 3 56.25%
Mario Velarde Bandera de México 10 de septiembre de 1989 10 de marzo de 1990 30 7 15 8 48.33%
Áxel Bierbaum Bandera de México 17 de marzo de 1990 5 de mayo de 1990 8 1 3 4 31.25%
Ignacio Prieto Bandera de Chile 29 de septiembre de 1990 1 de junio de 1992 84 33 28 23 55.95%
Nelson Acosta Bandera de Chile 16 de agosto de 1992 29 de noviembre de 1992 17 6 5 6 50%
Enrique Meza Bandera de México 5 de diciembre de 1992 28 de enero de 1995 83 38 23 22 59.64%
Luis Fernando Tena Bandera de México 5 de febrero de 1995 21 de abril de 1996 57 28 18 11 59.65%
Víctor Manuel Vucetich Bandera de México 10 de agosto de 1996 8 de marzo de 1997 26 8 6 12 38.46%
Jesús del Muro Bandera de México 19 de marzo de 1997 4 de mayo de 1997 8 4 3 1 62.5%
Luis Fernando Tena Bandera de México 27 de julio de 1997 25 de marzo de 2000 115 55 35 25 57.97%
José Luis Trejo Bandera de México 1 de abril de 2000 8 de diciembre de 2002 106 44 29 33 50.63%
Mario Carrillo Bandera de México 12 de enero de 2003 9 de marzo de 2003 9 0 6 3 22.22%
Enrique Meza Bandera de México 16 de marzo de 2003 6 de marzo de 2004 44 17 11 16 46.97%
Luis Fernando Tena Bandera de México 13 de marzo de 2004 16 de octubre de 2004 26 10 6 10 46.15%
José Luis Saldívar Bandera de México 20 de octubre de 2004 20 de noviembre de 2004 7 2 3 2 42.86%
Rubén Omar Romano Bandera de Argentina 15 de enero de 2005 22 de mayo de 2005 21 9 6 6 52.38%
Isaac Mizrahi Bandera de México 30 de julio de 2005 24 de septiembre de 2005 9 7 1 1 81.48%
Rubén Omar Romano Bandera de Argentina 28 de septiembre de 2005 4 de diciembre de 2005 10 2 3 5 30%
Isaac Mizrahi Bandera de México 21 de enero de 2006 20 de mayo de 2007 58 28 12 18 55.17%
Sergio Markarián Bandera de Uruguay 19 de junio de 2007 6 de junio de 2008 44 20 10 14 53.03%
Benjamín Galindo Bandera de México 26 de julio de 2008 2 de mayo de 2009 39 12 13 14 41.88%
Robert Siboldi Bandera de Uruguay 5 de mayo de 2009 9 de mayo de 2009 1 0 1 0 33.33%
Enrique Meza Bandera de México 25 de julio de 2009 29 de abril de 2012 116 56 27 33 56.03%
Guillermo Vázquez Bandera de México 28 de mayo de 2012 3 de diciembre de 2013 61 27 19 15 54.64%
Luis Fernando Tena Bandera de México 10 de diciembre de 2013 20 de mayo de 2015 53 23 15 15 52.83%
Sergio Bueno Bandera de México 8 de junio de 2015 29 de septiembre de 2015 10 3 1 6 33.33%
Joaquín Moreno Bandera de México 30 de septiembre de 2015 2 de octubre de 2015 1 0 1 0 33.33%
Tomás Boy Bandera de México 2 de octubre de 2015 22 de octubre de 2016 37 10 17 10 42.34%
Joaquín Moreno Bandera de México 23 de octubre de 2015 28 de noviembre de 2015 3 1 0 2 33.33%
Paco Jémez Bandera de España 28 de noviembre de 2016 27 de noviembre de 2017 39 12 16 11 33.33%
Pedro Caixinha Bandera de Portugal 5 de diciembre de 2017 50 0 0 100.00%