La Región Litoral del Torneo del Interior 1989-90, fue una de las seis regiones en las que se dividió la fase inicial de este torneo para equipos indirectamente afiliados a la AFA. Esta Región estuvo compuesta por equipos de las provincias de Chaco, Corrientes, Entre Ríos, Formosa, Misiones y Santa Fe. Participaron de la misma 35 equipos, los cuales fueron repartidos en 5 grupos de 4 equipos y 5 grupos de 3 equipos. Esta región fue la única que combinó los dos principales sistemas de disputa, ya que organizó a los diferentes equipos por grupos, pero estableció para cada uno el sistema de llaves eliminatorias para determinar a sus clasificados.
Al finalizar las distintas instancias, dos equipos fueron clasificados al Torneo Zonal para definir los ascensos a la Primera B Nacional.
Los integrantes de cada grupo disputaron la clasificación, a través de llaves eliminatorias. El ganador de dicha eliminatoria, clasificaba a la segunda fase, mientras que los demás equipos jugaban un repechaje por el segundo cupo.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Por haber sido eliminados en primera instancia, Sargento Cabral y San Martín definieron la primera llave, mientras que San Miguel clasificó a la llave definitoria directamente.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Por haber sido eliminados en primera instancia, Unión Pampa Alegría y Alvear definieron la primera llave, mientras que Juventud Unida clasificó a la llave definitoria directamente.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Por haber sido eliminados en primera instancia, Bartolomé Mitre y 2 de Mayo definieron la primera llave, mientras que Atlético Alem clasificó a la llave definitoria directamente.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Por haber sido eliminados en primera instancia, Ferroviario de Mercedes y San Lorenzo definieron la primera llave, mientras que Ferroviario de Corrientes clasificó a la llave definitoria directamente.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Por haber sido eliminados en primera instancia, Unión Agrarios y Urdinarrain definieron la primera llave, mientras que Gimnasia y Esgrima clasificó a la llave definitoria directamente.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Debido a que se trató de un grupo de tres equipos, los dos perdedores de la primera clasificación (Santa Rosa y Ñapindá) definieron la clasificación en una llave eliminatoria entre sí.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Debido a que se trató de un grupo de tres equipos, los dos perdedores de la primera clasificación (Romang FC y Ocampo Fábrica) definieron la clasificación en una llave eliminatoria entre sí.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Debido a que se trató de un grupo de tres equipos, los dos perdedores de la primera clasificación (Sportivo del Norte y Ceres Unión) definieron la clasificación en una llave eliminatoria entre sí.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Debido a que se trató de un grupo de tres equipos, los dos perdedores de la primera clasificación (Renato Cesarini y San Cristóbal Central) definieron la clasificación en una llave eliminatoria entre sí.
Definido el primer clasificado, los demás equipos debían jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio. Debido a que se trató de un grupo de tres equipos, los dos perdedores de la primera clasificación (Sociedad Italiana y Centenario) definieron la clasificación en una llave eliminatoria entre sí.
Los 20 equipos clasificados a esta etapa, fueron divididos en 5 grupos de 4 equipos, utilizándose el sistema de clasificación de la fase anterior, por el cual el ganador de cada grupo clasificó directamente a la fase final, mientras que los demás equipos debieron jugar un repechaje para definir el segundo cupo clasificatorio.
Los 10 equipos clasificados de la etapa anterior, fueron reagrupados en dos zonas de 5 equipos cada uno. Se apeló al mismo sistema de llaves eliminatorias para definir las clasificaciones. Se definió a un ganador por cada etapa, los cuales fueron acreedores de los cupos disponibles para la Etapa Final.
↑Ferroviario de Mercedes pasó de ronda, ya que Ferroviario de Corrientes abandonó el certamen.
↑Guaraní pasó de ronda por ventaja deportiva (clasificó a la segunda fase por haber ganado su grupo, mientras que Alem lo hizo tras jugar el repechaje de su grupo)
↑Guaraní pasó de ronda ante Central Norte, debido a la suspensión del encuentro de vuelta a los 10' minutos de tiempo suplementario y la posterior adjudicación del triunfo al primero.
↑Partido suspendido a los 10' de tiempo suplementario. Se adjudicó la clasificación a Guaraní