En el año 2002 en el medio de los [[Golpe de Estado en Venezuela de 2002|sucesos del 11 de abril]] se vió inmersa en una polémica con el entonces Ministro del Interior de [[Hugo Chávez]] [[Ramón Rodríguez Chacín]]<ref name=":0">{{Cita web|url=http://diarioelprogreso.com/edi-091207/html/pag03-b.htm|título=Diario el Progreso --Edición Digital--|fechaacceso=2 de agosto de 2017-08-02|apellido=Guayana|nombre=Maira Dávila - Teleservicios Peopleweb - Fututekids|sitioweb=diarioelprogreso.com}}</ref> cuando fue acusada de haber firmado la orden de allanamiento de su vivienda cuando era titular del Tribunal 39 de Control,<ref name=":0" /> según la versión del funcionario esta orden permitió su detención arbitraria, pero según la versión de Fernández la orden solo permitía allanar una vivienda donde se sospechaba había armas<ref name=":0" /> y no detener al ministro. El ministerio público la imputo en 2004<ref name=":0" /> por este caso y en julio de 2007 se presento la acusación formal.<ref name=":0" /> El caso fue sobreseido en 2008<ref name=":1">{{Cita web|url=http://venezuelareal.zoomblog.com/archivo/2008/02/03/acuerdan-sobreseimiento-a-Monica-Ferna.html|título=Venezuela Real|fechaacceso=2 de agosto de 2017-08-02|sitioweb=venezuelareal.zoomblog.com|idioma=es-ES}}</ref> debido a la ley de amnistía decretada por el entonces presidente Chávez.<ref name=":1" />
