El 27 de julio de 2013, Lewandowski ganó la [[Supercopa de Alemania]] por 4-2 frente al . Empieza la temporada anotando en la victoria por 0-4 del [[Borussia Dortmund|Dortmund]] <nowiki/>sobre el Aursburgo . El BorrusiaBorussia empieza la temporada ganando los primeros 5 paridos , pero una serie de empates y derrotas hacen que pierdan la primera posición terminando la primera vuelta en cuarta posición .El [[4 de enero]] de [[2014]] se oficializa su salida del equipo y firmó un contrato para jugar durante cinco temporadas en el [[Bayern de Múnich]], a partir de la temporada 2014/15.<ref>{{cita web |año = 2014 |url = http://cadenaser.com/programa/2014/01/04/play_futbol/1388795298_850215.html |título = El Bayern de Múnich confirma el fichaje de Lewandowski |editor = [[Cadena SER]] |idioma = |fechaacceso = 5 de enero de 2014}}</ref> Durante la segunda vuelta Lewandowski fue vital para que su equipo mejorara los resultados y terminara como subcampeón de la Bundesliga. En esta temporada por primera vez se coronaría como máximo goleador de la liga al anotar 20 goles en 33 partidos jugados. Su último partido con el [[BorrusiaBorussia Dortmund]] fue la derrota por 2-0 en la prórroga de la final de la [[Copa de Alemania|DFB- Pokal]] precisamente contra el Bayern Múnich.
