El [[23 de diciembre]] de [[2013]], se confirmaconfirmó que serásería el nuevo seleccionador de {{sel|Suiza}} después del [[Copa Mundial de Fútbol 2014|Mundial de Brasil]], sustituyendo a [[Ottmar Hitzfeld]].<ref>{{cita web|url=http://futbol.as.com/futbol/2013/12/23/internacional/1387815580_582750.html|título=Petkovic se hará cargo de la selección suiza tras el Mundial|autor=[[Europa Press]]|obra=[[As (periódico)|AS]]|fecha=23 de diciembre de 2013|idioma=español}}</ref> Al frente del conjunto helvético, consigueconsiguió la [[clasificación para la Eurocopa 2016]].;<ref>{{cita web|url=http://www.sport.es/es/noticias/futbol-internacional/suiza-sella-pase-eurocopa-suecia-garantiza-repesca-4577659|título=Suiza sella su pase a la Eurocopa y Suecia se garantiza la repesca|autor=[[Agencia EFE]]|obra=[[Diario Sport|Sport]]|fecha=9 de octubre de 2015|idioma=español}}</ref> torneo en el que fueron eliminados por {{sel|Polonia}}, que se impuso en la [[tanda de penaltis]] de [[Eurocopa 2016#Octavos de final|octavos de final]].
