El Parque Natural del Alto Pirineo tiene la representación de fauna más completa de Cataluña: el [[urogallo]] tiene la mayor población ibérica, el [[águila real]], el [[buitre leonado]] y el [[quebrantahuesos]] son destacables. Además, se pueden observar seis especies de grandes mamíferos herbívoros (rebeco, muflón, corzo, ciervo, gamo, jabalí) e, incluso, el mítico [[Ursus arctos arctos|oso pardo]] se pasea a menudo por los valles más septentrionales. Los ambientes abiertos del piso alpino tienen entre sus habitantes más notables la [[perdiz blanca]], el [[gorrión alpino]] y el [[treparriscos]]. En los bosques de alta montaña, además del urogallo, son destacables el [[mochuelo boreal]], la [[becada]], el [[certhia familiaris]] y la [[marta]]. La extensa red de ríos del parque es el hábitat de buenas poblaciones de [[trucha]]s y de algunos vertebrados semiacuáticos singulares, en especial el [[desmán]] -un pequeño mamífero insectívoro amenazado endémico del norte ibérico-, la [[nutria]], la [[rata de agua]] y el [[mirlo]] de agua. Las especies anteriores son remarcables por su rareza o singularidad en el contexto de Cataluña, pero sin duda el animal más relevante del parque es la lagartija pallaresa, esta especie vive en la alta montaña, está emparentada con otras dos lagartijas de los Pirineos y fue descubierta hace poco, en la [[década de 1990]]. Es endémica de una pequeña zona de los Pirineos comprendida entre los macizos del Mont-roig y de el oeste de [[Andorra]], de tal modo que la mayor parte de su población mundial se encuentra dentro de los límites del Parque Natural.
