En respuesta a la declaratoria de guerra de Bolívar, el presidente del Perú La Mar (Cuenca actual Ecuador), su movilizó su ejército y marina contra el sur de la Gran Colombia (actual territorio de Ecuador).
La [[Marina de Guerra del Perú|marina peruana]], al mando del almirante [[MartinMartín Guise]], procedió a bloquear la costa pacífica grancolombiana, en agosto de 1828. La flota peruana resultó victoriosa en los combates de Malpelo y Las Cruces. Luego procedió a asediar el puerto artillado de [[Guayaquil]]. Durante la lucha, falleció el mismo Guise, al explotar una granada en la cubierta de la fragata ''Presidente'' que comandaba (22 de noviembre de 1828). Le sucedió en el mando el segundo jefe de la escuadra, [[José Boterín]], quien logró finalmente acallar las defensas de Guayaquil, obteniendo su rendición el 19 de enero de 1829. Las tropas peruanas ocuparon Guayaquil el 1 de febrero de 1829, al mando del capitán Casimiro Negrón.
La campaña marítima fue, en definitiva, un triunfo para el Perú.
