En 1653, despuésDespués de la muerte de su padre, Emmanuel heredó Plötzkau en 1653 conjuntamente con sus hermanos mayores [[Ernesto Gottlieb de Anhalt-Plötzkau|Ernesto Gottlieb]] y [[Lebrecht de Anhalt-Köthen|Lebrecht]]. También tenían la responsabilidad de actuar como regentes sobre Anhalt-Köthen en nombre del Príncipe infante [[Guillermo Luis de Anhalt-Köthen|Guillermo Luis]]. En la práctica, eran Emmanuel y Lebrecht quienes ejercían la regencia mientras que Ernesto Gottlieb permanecíapermaneció como único gobernante de Plötzkau aunque solo durante siete meses hasta su muerte, después de lo cual Emmanuel y Lebrecht sirvieron como cogobernantes. Su regencia sobre Köthen duró hasta 1659, cuando Guillermo Luis fue proclamado mayor de edad y comenzó su propio gobierno sobre el principado.
La muerte de Guillermo Luis en 1665 sin herederos cambió la distribución de los existentes principados de Anhalt: Emmanuel y Lebrecht recibieron Köthen, y su antiguo principado de Plötzkau fue devuelto a [[Anhalt-Bernburg]], de donde había sido originalmente extraído originalmente.
La muerte de Lebrecht sin herederos en 1669 dejó a Emmanuel como único gobernante de Anhalt-Köthen hasta su muerte, casi exactamente un año más tarde.
