En el [[siglo XIX]] con la [[Guerra de la Independencia Española|invasión francesa]], las tropas napoleónicas profanaron la iglesia y el convento causando graves daños. La progresiva ruina del conjunto y los distintos procesos [[desamortización|desamortizadores]], en especial la desamortización de 1835, acabaron con las dependencias conventuales para transformarlas en presidio, quedando solamente en pie la iglesia.
En el [[siglo XX]]1968, la iglesia sufrió un incendio y se llevaron a cabo varias restauraciones. Durante los primeros años del [[siglo XXI]] (concretamente entre 2004 y 2009),<ref>El Mundo (8 de julio de 2009): [http://www.elmundo.es/elmundo/2009/07/08/castillayleon/1247074196.html La fachada de San Pablo enseña su nueva cara tras cinco años oculta].</ref> la iglesia ha sido objeto de una restauración integral. Mientras se realizaban las restauraciones fue posible ver las esculturas a pocos metros gracias a un andamio móvil.<ref>ABC (22 de julio de 2007): [http://www.abc.es/hemeroteca/historico-22-07-2007/abc/Domingos/restauracion-turismo-entre-los-andamios_16464110882.html Restauración: Turismo entre los andamios].</ref><ref>El País (26 de mayo de 2007): [http://elpais.com/diario/2007/05/26/viajero/1180213693_850215.html San Pablo y el gato].</ref>
