En 2003, Jones fue arrestado por posesión de [[pornografía infantil]] y por dar empleo a un chico de 14 años para que poseposase en fotografías pornográficas.<ref name=FDLE>[http://offender.fdle.state.fl.us/offender/flyer.do?personId=38561 Florida Department of Law Enforcement]</ref><ref name=TSG>[http://www.thesmokinggun.com/archive/0702041jones1.html ''Jeffrey Jones Sex Offender Bust'']. [[The Smoking Gun]].</ref><ref>[http://news.bbc.co.uk/1/hi/entertainment/showbiz/2502963.stm ''Ferris Bueller star denies porn charges'']. BBC News. 22 November 2002.</ref> Por una petición, el cargo de posesión de pornografía infantil fue retirado, y Jones [[nolo contendere|no rechazó]] los cargos por inducir a un menor a posar para fotografías explícitas. Fue sentenciado a un período de prueba de cinco años, y se le ordenó asistir a terapia y registrarse como agresor sexual.<ref>"Actor Gets Probation for Inducing Boy to Pose Nude", ''Los Angeles Times'', July 9, 2003, p. 4.</ref><ref>[http://www.contactmusic.com/new/xmlfeed.nsf/mndwebpages/jeffrey%20jones%20pleads%20no%20contest%20to%20porn%20charges ''Jeffrey Jones Pleads No Contest to Porn Charges'']. ContactMusic.com. 7 September 2003.</ref> En julio de 2004, fue arrestado por la policía de [[Florida]] después de no notificar su cambio de residencia como ordenan las leyes de ese estado.<ref>[http://www.contactmusic.com/new/xmlfeed.nsf/mndwebpages/shamed%20actor%20charged%20with%20failing%20to%20register%20on%20sex%20list ''Shamed Actor Charged with Failing to Register on Sex List'']. ContactMusic.com. 7 May 2004.</ref> En 2004, después de que el menor pasópasase a ser adulto, este llevó a cabo un juicio civil contra Jones,<ref name=suit>{{cita web |url=http://www.thesmokinggun.com/archive/1027041jones1.html |título=Actor Hit With Teen Sex Suit|editorial=The Smoking Gun|fechaacceso=22 de marzo de 2009}}</ref> el cual fue desestimado nueve días después.<ref>Search on BC323446 at http://www.lasuperiorcourt.org {{Wayback|url=http://www.lasuperiorcourt.org/ |date=20090319064523 }} shows "11/03/2004 Request and Entry of Dismissal (W/P ENTIRE ACTION OF ALL CAUSES AND ALL PARTIES) Filed by Attorney for Pltf/Petnr."</ref>
