Se divorció de Daniel Patterson por adulterio en 1873. Publicó su trabajo en 1875 en un libro titulado ''Ciencia y Salud'' (años más tarde retitulado ''[[Ciencia y salud con clave de las Escrituras]]'') que llamó el libro de texto de la Ciencia Cristiana, después de varios años de ofrecer su método de curación. La primera edición fue de 1000 copias, que ella misma publicó. Durante estos años, enseñó lo que consideraba la ciencia del "cristianismo primitivo" para al menos 800 personas.<ref>Robert Peel, ''Mary Baker Eddy, The Years of Authority'', Holt, Rinehart and Winston, 1977, 483, n. 104.</ref> Muchos de sus alumnos se convirtieron en sanadores. Las últimas 100 páginas de "Ciencia y Salud" (capítulo titulado "Fruitage") contienen testimonios de personas que afirmaron haber sido sanadas al leer su libro. Realizó numerosas revisiones de su libro desde el momento de su primera publicación hasta poco antes de su muerte.<ref name="NOTES 1998, p. 324">Gill 1998, 324.</ref>
En 1877, se casó con Asa Gilbert Eddy; en 1882, se mudaron a Boston, y murió ese mismo año.<ref>[http://www.marybakereddylibrary.org/mary-baker-eddy/timeline Mary Baker Eddy Timeline]</ref>
