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Diferencia entre revisiones de «Transcriptoma»

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El '''transcriptoma''' es el conjunto de todas las moléculas de [[Ácido ribonucleico|ARN]] (también llamadas ''transcritos'') presentes en una [[célula]] o grupo de células en un momento determinado<ref name=":0">{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19715439|título=Applications of new sequencing technologies for transcriptome analysis|apellidos=Morozova|nombre=Olena|apellidos2=Hirst|nombre2=Martin|fecha=2009|publicación=Annual Review of Genomics and Human Genetics|volumen=10|páginas=135–151|fechaacceso=2019-02-24|issn=1545-293X|doi=10.1146/annurev-genom-082908-145957|pmid=19715439|apellidos3=Marra|nombre3=Marco A.}}</ref>. El término transcriptoma engloba tanto al [[ARN mensajero]] ('''mRNA'''), que puede traducirse en una proteína, como al [[ARN no codificante]] ('''ncRNA'''). Sin embargo, en ocasiones el término se utiliza de manera laxa para referirse únicamente al ARN mensajero.
 
DesdeSe laestima caracterizaciónque solamente el 3% del [[genoma]] humanose [[Transcripción genética|transcribe]] en ARN, hany surgidosolo nuevasel vías1.2% dese investigación[[Traducción sobre(genética)|traduce]] elen análisis[[proteínas]] globalen delcada materialtipo genéticocelular<ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22955616|título=An Esintegrated evidenteencyclopedia queof noDNA todoelements elin the human genome|apellidos=ENCODE Project Consortium|fecha=2012-09-06|publicación=Nature|volumen=489|número=7414|páginas=57–74|fechaacceso=2019-02-24|issn=1476-4687|doi=10.1038/nature11247|pmc=PMC3439153|pmid=22955616}}</ref>. El resto del genoma sees transcribe'''ADN no codificante''' (a veces llamado ADN basura) y seposee traducefunciones finalmenteregulatorias. enEsto [[proteínas]], loimplica que hael dadotamaño lugardel atranscriptoma conceptoses objetomucho demenor debate,al comodel elgenoma deen [[intrones|ADNun basura]]organismo dado. Además, quediferentes engenes realidadson únicamentetranscritos seen caracterizadiferentes porcélulas ely desconocimientoesto científicoimplica deque muchascada detejido suso funciones.tipo Asícelular pues,posee un retotranscriptoma consistedistinto. enPor estudiarlo quétanto, porciónuno delde genomalos esobjetivos transcritomas aimportantes de la [[ARN mensajerotranscriptómica]], es decir,identificar qué materialporción genéticodel genoma es expresadotranscrito en uncada tipo celular y bajo unasqué condiciones dadas<ref>Mattei, J.-F. (2001/2002). ''El genoma humano'' (Ethical eye: the human genome). Sáez García, M. A.; Chao Crecente, M.; Vázquez, D. A., y Rodríguez-Roda Stuart, J., trad. Colección La Mirada de la Ciencia. Madrid: Council of Europe/Editorial Complutense. Glosario (p. 201). ISBN 84-7491-665-8</ref>. Así pues, el concepto de transcriptoma surge para representar todo este [[ARN mensajero|ARNm]] transcrito en ciertas circunstancias, de forma global. Cabe destacar que, aunque se habla del [[genoma humano]], este epíteto no tiene sentido para el transcriptoma humano, puesto que hay infinidad de transcriptomas en función del tipo tisular o las condiciones ambientales incluso para la misma especie.
 
== Técnicas empleadas en su análisis ==
La [[transcriptómica]] es el estudio del nivel de expresión de todos los genes transcritos en una célula o tejido; es decir, del número de moléculas de ARN transcritas para cada gen. Existe una amplia gama de técnicas utilizadas en transcriptómica, las cuales permiten cuantificar millones de moléculas de ARN al mismo tiempo.

Los primeros estudios transcriptómicos se basaron en [[Chip de ADN|microarreglos]] (también llamados '''chips de ADN'''), finas láminas de vidrio sobre las cuales se imprimen [[Oligonucleótido|oligonucleótidos]] <ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7569999|título=Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray|apellidos=Schena|nombre=M.|apellidos2=Shalon|nombre2=D.|fecha=1995-10-20|publicación=Science (New York, N.Y.)|volumen=270|número=5235|páginas=467–470|fechaacceso=2019-02-24|issn=0036-8075|pmid=7569999|apellidos3=Davis|nombre3=R. W.|apellidos4=Brown|nombre4=P. O.}}</ref>. El ARN que se desea analizar se marca con un [[Fluorocromo|fluoróforo]] y se difunde sobre la superficie del microarreglo, donde se le permite [[Hibridación (biología molecular)|hibridar]] con los oligonucleótidos. La intensidad de fluorescencia en cada punto del microarreglo es proporcional al nivel de expresión de cada gen. Un sólo microarreglo contiene comúnmente suficientes oligonulceótidos para representar a todos los genes conocidos; sin embargo, debido a la naturaleza del chip de ADN es imposible utilizarlo para cuantificar genes desconocidos.
 
Recientemente, los microarreglos han sido sustituidos por técnicas basadas en la [[Secuenciación del ADN|secuenciación de ADN]] de nueva generación. La técnica más empleada en la actualidad es la '''secuenciación de ARN''' ('''RNA-seq''')<ref name=":1">{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18516045|título=Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq|apellidos=Mortazavi|nombre=Ali|apellidos2=Williams|nombre2=Brian A.|fecha=2008-7|publicación=Nature Methods|volumen=5|número=7|páginas=621–628|fechaacceso=2019-02-24|issn=1548-7105|doi=10.1038/nmeth.1226|pmid=18516045|apellidos3=McCue|nombre3=Kenneth|apellidos4=Schaeffer|nombre4=Lorian|apellidos5=Wold|nombre5=Barbara}}</ref><ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18451266|título=The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing|apellidos=Nagalakshmi|nombre=Ugrappa|apellidos2=Wang|nombre2=Zhong|fecha=2008-06-06|publicación=Science (New York, N.Y.)|volumen=320|número=5881|páginas=1344–1349|fechaacceso=2019-02-24|issn=1095-9203|doi=10.1126/science.1158441|pmc=PMC2951732|pmid=18451266|apellidos3=Waern|nombre3=Karl|apellidos4=Shou|nombre4=Chong|apellidos5=Raha|nombre5=Debasish|apellidos6=Gerstein|nombre6=Mark|apellidos7=Snyder|nombre7=Michael}}</ref>, la cual tiene la ventaja de detectar tanto genes conocidos como desconocidos, además de cuantificar su expresión directa y no indirectamente<ref name=":0" />. La secuenciación de ARN comienza con la conversión de todas las moléculas de ARN a [[ADN complementario]] (cDNA) mediante [[RT-PCR|PCR reversa]] (RT-PCR). El ADN complementario es entonces amplificado mediante [[Reacción en cadena de la polimerasa|PCR]] para formar una [[Genoteca|biblioteca de ADN]], la cual puede ser secuenciada<ref name=":1" />. El resultado final es una serie de secuencias que pueden ser [[Alineamiento de secuencias|alineadas]] al genoma o transcriptoma y después cuantificadas mediante métodos computacionales<ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26813401|título=A survey of best practices for RNA-seq data analysis|apellidos=Conesa|nombre=Ana|apellidos2=Madrigal|nombre2=Pedro|fecha=2016-01-26|publicación=Genome Biology|volumen=17|páginas=13|fechaacceso=2019-02-24|issn=1474-760X|doi=10.1186/s13059-016-0881-8|pmc=PMC4728800|pmid=26813401|apellidos3=Tarazona|nombre3=Sonia|apellidos4=Gomez-Cabrero|nombre4=David|apellidos5=Cervera|nombre5=Alejandra|apellidos6=McPherson|nombre6=Andrew|apellidos7=Szcześniak|nombre7=Michał Wojciech|apellidos8=Gaffney|nombre8=Daniel J.|apellidos9=Elo|nombre9=Laura L.}}</ref>. Esto permite saber de qué gen proviene cada secuencia y cuántas secuencias le corresponden a cada gen. El numero de secuencias alineadas un gen determinado es proporcional al número de moléculas de ARN provenientes del mismo.
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