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[[Archivo:Cladogramanotansimple-clasificacionterminales.svg|derecha|miniatura|Del árbol filogenético se puede derivar una clasificación de los organismos. Los taxones terminales se circunscriben y agrupan en taxones de rango sucesivamente más alto. Los anidamientos deben tener congruencia o "consistencia lógica" con el árbol filogenético, aunque la forma en que se tiene que dar esta consistencia está en discusión.<ref name="Stuessy y König 2009">Por ejemplo Stuessy, T. F., & König, C. (2009). Classification should not be constrained solely by branching topology in a cladistic context. ''Taxon'', 58(2), 347-348. "Consistencia lógica" en respuesta a Wiley (2009).</ref> Nótese que la clasificación tiene forma de dendrograma.]]
 
La '''Taxonomía''' (del [[idioma griego|griego]] τάξις ''táxis'' ‘ordenamiento’ y νόμος ''nómos'' ‘norma’ o ‘regla’) es, en su sentido más general, la ciencia de la [[clasificación]]. HabitualmenteEl término se emplea el términohabitualmente para designar a la '''Taxonomía Biológica''', la «teoría y práctica de clasificar organismos».<ref name="Simpson 1961" />
<ref group=cita>Decía K de Queiroz (1992): "''En 1969, el libro de Mayr, ''Principles of Systematic Zoology'' fue probablemente el mejor texto de sistemática y el mejor libro de referencia disponible (Mihener 1969), y retuvo un lugar prominente entre los de su estilo por años después de su publicación. Cuando fue publicado por primera vez, estaba actualizado, era considerado una autoridad en la materia, y era el más completo, y aún más de 20 años después de su apogeo continúo usando mi copia frecuentemente. Si bien muchos libros excelentes sobre el tema han sido publicados después, sólo el de Wiley (1981) ''Phylogenetics'', sirve a tantos propósitos diferentes. Pero un montón ha sucedido desde 1969. Ningún libro sobre sistemática publicado hace tanto tiempo es actual hoy en día. Consecuentemente, la publicación de una edición revisada de ''Principles of Systematic Zoology'' se espera que sea un nuevo estándar en este campo.''"</ref>{{refn|group=cita|name=definición de sistemática|{{cita|El autor [[E Mayr]] (1969<ref name="Mayr y Ashlock 1991" />) en ''Principles of Systematic Zoology'' sigue a [[GG Simpson]]<ref name="Simpson 1961" /> en la distinción entre taxonomía (la teoría y práctica de clasificar organismos) de la sistemática (la ciencia de la diversidad de organismos). Es ventajoso que uno de estos dos términos no se desperdicie volviéndolos, como en el pasado reciente, sinónimos, si bien uno puede argumentar cuál es cuál.|Richards (1970<ref name="Richards 1970" />), review del libro de E Mayr (1969) ''Principles of Systematic Zoology''.}}<br />
Al 2007 la primera cita del libro de texto de los cladistas Judd ''et al.'' (2007<ref name="Judd et al. 2007" />), y la única sobre este tema, es: <br />
{{cita|De acuerdo con el paleontólogo [[George Gaylord Simpson]] (1961<ref name="Simpson 1961" />:7), "la sistemática es el estudio científico de los tipos (''the kinds'') y la diversidad de organismos y cada una y todas las relaciones entre ellos".|Judd ''et al.'' (2007<ref name="Judd et al. 2007" />), un libro cladista cuya primera edición en 1998 fue muy premiada.}}<br />
Ver también la cita "Definición de taxonomía".<ref group="cita" name="definición de taxonomía" />.}} Como se la entiende en la actualidad, la clasificación biológica tiene que ser [[congruencia (taxonomía)|congruente]] con las hipótesis disponibles de [[árbol filogenético]] disponibles,; en ella, los organismos se agrupan en taxones mutuamente excluyentes, agrupados a su vez agrupados en taxones de rango más alto también mutuamente excluyentes, de forma que cada organismo pertenece a uno y sólo un taxón en cada rango o "categoría taxonómica". En cada taxón, los organismos poseen caracteres (singular [[Carácter (biología)|carácter]]) cuyos estados del carácter los diferencian de los organismos fuera del taxón, y son los [[atributo (taxonomía)|atributos]] que en conjunto se utilizan para delimitar los taxones biológicos. La mayoría{{refn|group=cita|name=especie realidad objetiva|{{cita|De acuerdo con el punto de vista del autor <nowiki>[</nowiki>[[E Mayr]]<nowiki>]</nowiki>, que pienso que casi todos los biólogos deben compartir, la especie es la única categoría taxonómica que tiene al menos en los ejemplos más favorables una existencia completamente objetiva.|Richards (1970<ref name="Richards 1970" />), review del libro de E Mayr (1969) ''Principles of Systematic Zoology''.}}}} de los especialistas ve a las especies, a las que ubican en taxones en la categoría taxonómica del mismo nombre, como una realidad objetiva, y a los diferentes conceptos de especie como diferentes aproximaciones para reconocer los linajes que evolucionan independientemente, por lo que a pesar de las discrepancias entre autores en su [[concepto taxonómico]] y por lo tanto en general en los [[circunscripción (taxonomía)|límites taxonómicos]] de cada una, suele ser considerada la categoría taxonómica más importante<ref group="cita" name="definición Biodiversity Science" />{{refn|group=cita|name=especie importante Judd|{{cita|Sistemáticos, biólogos evolutivos, biólogos de poblaciones, [[Biología de la conservación|biólogos de la conservación]], [[Ecología|ecólogos]], [[Agronomía|agrónomos]], [[Horticultura|horticultores]], [[biogeografía|biogeógrafos]] y muchos otros científicos están más interesados en las especies que en ningún otro taxón.|Judd et al. (2007<ref name="Judd et al. 2007" />):<small>144</small>}}}} en la clasificación. Los taxones supraespecíficos son los que agrupan especies y se jerarquizan en categorías taxonómicas de rango cada vez más alto: género (grupo de especies), familia, etc. hasta el reino. En esta área también está debatido el [[concepto de taxón]] a utilizar. Muchos especialistas afirman que sólo la "filosofía taxonómica" para agrupar los organismos en taxones de la [[escuela cladista]] logra que la clasificación ofrezca el servicio que se espera de ella al resto de las ramas de la biología, pero la [[escuela evolucionista]] tiene razones para delimitar con otros conceptos los taxones, también congruentes con las hipótesis de árbol filogenético, y las dos escuelas se atribuyen la creación de sistemas de clasificación que cumplen en mayor medida sus funciones de '''sistemas de almacenamiento y recuperación de datos''', y de '''predictores''' del estado de los caracteres y las direcciones de la evolución que no se han medido.
 
La Taxonomía también se ocupa de debatir y actualizar los [[Código de nomenclatura (desambiguación)|Códigos Internacionales de Nomenclatura]], de los que por razones históricas hay uno para cada disciplina (Zoología, Botánica y Bacteriología), cuya utilización para reglamentar el uso de nombres "formales" está consensuada desde hace unos 100 años. Un Código define el sistema taxonómico —los Códigos en uso definen el recién descripto, conocido como el "sistema lineano", del que se deriva la definición de taxón más abajo descripta—; decide cómo se forman los nombres y cuál es el "tipo" con el que se heredan de taxón en taxón, y explicita sus '''Principios de Nomenclatura''', cuya validez está por encima de las reglas, con el objetivo o "principio básico"<ref name="Mayr 1942 principio básico">Mayr, Ernst. 1942. ''Systematics and the Origin of Species''. p.17 "...the basic principle of the rules, that of stability and permanence,..."</ref> de proveer la máxima estabilidad en la nomenclatura. Los Códigos en uso no evitan las "diferencias filosóficas" entre taxónomos en los [[concepto de taxón|conceptos taxonómicos]] a utilizar ni en la categoría especie ni en las categorías supraespecíficas que son una fuente de inestabilidad frecuente en los nombres de los taxones.