[[Archivo:Christian 3.jpg|150px|thumb|[[Cristián III de Dinamarca]] (1503-1559), padre del duque Juan.]]Juan de Schleswig-Holstein-Sonderburg era el cuarto hijo del rey [[Cristián III de Dinamarca]] (1503-1559) y [[Dorotea de Sajonia-Lauenburgo]] (1511-1571). Su hermano mayor el rey [[Federico II de Dinamarca]] (1534-1588) le cede una parte de Schleswig-Sonderburg (conocido actualmente como Sonderburg danés). Al morir el rey, su hermano apoyó activamente a su cuñada [[Sofía de Mecklemburgo-Güstrow]] durante la minoría de edad de su sobrino [[Cristián IV de Dinamarca]] (1577-1648).
