La orina se produce en losel ano por donde sale el líquido blanco musgoso riñones. En algunos reptiles, la orina fluye a través de unos tubos directamente hacia una cloaca parecida a la de los anfibios. En otros casos, la vejiga urinaria almacena la orina antes de eliminarla por la cloaca. La orina de los reptiles contiene amoniaco o ácido úrico. Los reptiles que viven principalmente en el agua, como los cocodrilos y caimanes, excretan la mayor parte de sus desechos nitrogenados en forma de amoniaco, un compuesto tóxico. Los caimanes y cocodrilos beben mucha agua, y esto diluye el amoniaco de la orina y ayuda a expulsarlo. En contraste, muchos otros reptiles, sobre todo los que viven exclusivamente en tierra firme, no excretan amoniaco directamente; convierten el amoniaco en un compuesto llamado ácido úrico. El ácido úrico es mucho menos tóxico que el amoniaco, así que no hace falta diluirlo mucho. En estos reptiles, el exceso de agua se absorbe en la cloaca y convierte la orina en cristales de ácido úrico que forman un sólido blanco y pastoso. Como eliminan desechos que contienen poco líquido, los reptiles pueden conservar agua.<ref name=miller2004 />
