En los [[años 1990]], el campeonato doméstico perdió importancia frente a la [[Premier League de Escocia|liga escocesa]] y la recién creada [[Premier League]] de [[Inglaterra]], que conllevó un sensible descenso en el número de espectadores. Para no coincidir con torneos más fuertes, los clubes adoptaron un nuevo calendario y las temporadas pasaron al verano, entre los meses de [[marzo]] y [[noviembre]]. A su vez, se apostó por una mayor profesionalización en todos los equipos.
El gasto de los clubes comenzó a ser excesivo y muchos dejaron de ser rentables, lo que provocó un acuerdo entre la Liga y la Federación de Irlanda para que éstaesta dirigiera el torneo a partir de [[2006]].<ref name="europerte">{{cita web|url=http://www.rte.ie/sport/soccer/features/elfshane4.html|título=Eircom League Focus|editorial=[[RTE]]|fechaacceso=14 de marzo de 2010}}</ref> Con la nueva dirección, los equipos debían cumplir unos requisitos mínimos para garantizar su continuidad o ascenso a la Premier irlandesa y todo el campeonato profesional, algo que provocó movimientos polémicos: en [[2006]] el Shelbourne fue descendido administrativamente por impagos a pesar de haber ganado la liga ese año,<ref name="owned">{{cita web|url=http://www.tribune.ie/archive/article/2007/feb/25/delighted-shels-are-back-from-the-brink/|título=Delighted Shels are back from the brink|fechaacceso=13 de marzo de 2010|fecha=25 de febrero de 2007|editor=Sunday Tribune|idioma=inglés|urlarchivo=https://web.archive.org/web/20160307141414/http://tribune.ie/archive/article/2007/feb/25/delighted-shels-are-back-from-the-brink|fechaarchivo=7 de marzo de 2016}}</ref> del mismo modo que el [[Cork City]] desapareció y se bajó al Derry City en 2010 por presentar documentación falsa.<ref name="derryrascal">{{enlace roto|1={{cita web|url=http://www.allbusiness.com/company-activities-management/company-structures-ownership/13667399-1.html|título=Promising start for new Derry City Board|fechaacceso=13 de marzo de 2010|fecha=31 de diciembre de 2009|editor=All Business|idioma=inglés}} |2=http://www.allbusiness.com/company-activities-management/company-structures-ownership/13667399-1.html |bot=InternetArchiveBot }}</ref><ref name="adios">{{cita web|url=http://www.irishtimes.com/sports/soccer/2010/0223/1224265050795.html|título=Cork City put out of business|fechaacceso=13 de marzo de 2010|fecha=23 de febrero de 2010|editor=[[Irish Times]]|idioma=inglés}}</ref>
Poco a poco, el campeonato ha ganado importancia y seriedad entre las ligas adscritas a la [[UEFA]], e Irlanda ha pasado del puesto 41 en [[2000]] al 30 en [[2009]].<ref name="subidon">{{cita web|url=http://www.xs4all.nl/~kassiesa/bert/uefa/data/method4/crank2010.html|título=UEFA Country Ranking 2010|fechaacceso=13 de marzo de 2010|editor=[[UEFA]]|idioma=inglés}}</ref>
