En la Copa Libertadores de América de 2016 Boca llegó hasta las semifinales cuando fue eliminado por Independiente del valle de Ecuador 2-1 en la ida y 3-2 en la vuelta. Ganaría también la Superliga 2016-2017 y la de 2017-2018 con aceptables campañas en ambas.
En 2018 Boca jugó una final histórica, de desarrollo escandaloso, por la [[Copa Conmebol Libertadores 2018]], ante su ex clasicoclásico, el [[Club Atlético River Plate|River Plate]]. El partido de ida se jugó en la Bombonera el día 11 de noviembre con empate 2-2, y la vuelta no pudo jugarse en Argentina, debido a una serie de incidentes violentos muy controvertidos, que llegaron a causar la renuncia del secretario de Seguridad del Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Inicialmente Boca se negó a jugar la revancha y solicitó la descalificación de River, pero la CONMEBOL rechazó la solicitud y ordenó jugar el partido en Europa, el 9 de diciembre en el estadio Santiago Bernabéu, donde Boca perdió por 3 a 1. El partido final fue transmitido únicamente por cable prepago, alcanzando una audiencia récord en Argentina para un canal de cable, de 40 puntos de rating.<ref>{{cita web|url=https://www.clarin.com/espectaculos/tv/river-boca-superclasico-rompio-rating-pico-40-puntos_0_6OTrs14IU.html|obra=Clarín|fecha=9 de diciembre de 2018|título=Medición minuto a minuto. River-Boca: el superclásico rompió el rating, con un pico de 40,1 puntos}}</ref>
