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La ingeniería genética es cara y costosa, por lo que deben realizarse previamente experimentos destinados a conocer en profundidad las vías metabólicas de la planta a tratar, con el objetivo de maximizar las probabilidades de éxito del tratamiento. Por ejemplo se pueden deducir algunos puntos de sus vías biosintéticas analizando la reacción de la planta ante la presencia de ciertos flavonoides conocidos.
 
Algunos ejemplos de aplicación exitosa de la ingeniería metabólica a los flavonoides son (Forkmann y Martens 2001.<ref name="Forkmann y Martens 2001">Forkmann, G., S. Martens. 2001. "Metabolic engineering and applications of flavonoids". ''Current Opinion in Biotechnology'' 12: 155–160 (pdf [http://www.natural-flavonoids.de/content/Forkmann%20&%20Martens%20Cur.Op.Biotech.%202001%20Metabolic%20engineering%20flavonoids.pdf aquí] {{Wayback|url=http://www.natural-flavonoids.de/content/Forkmann%20%26%20Martens%20Cur.Op.Biotech.%202001%20Metabolic%20engineering%20flavonoids.pdf |date=20160304091819 }}).</ref>):
* ''' Coloración de las flores'''. La innovación en el color de las flores de las [[planta ornamental|plantas ornamentales]], en especial la oferta de variedades azules o amarillas inexistentes en la naturaleza, es uno de los mayores atractivos que pueden ofrecer los [[cultivar]]es. Como ejemplo se puede mencionar la ''Petunia'' de flores naranjas (el color es concedido por flavonoides sintetizados gracias a genes traídos de otras plantas), y los [[Dianthus|claveles]] violetas (logrados por genes traídos de la petunia transgénica).
* '''Mejoras en el potencial nutricional de los alimentos'''. Por ejemplo en el [[Solanum lycopersicum|tomate]], se ha logrado introducir unos genes del maíz que aumentan la biosíntesis de [[kaempferol]] en más de un 60&nbsp;%, principalmente en la pulpa. También se ha introducido un gen de ''Petunia'' que aumenta la biosíntesis de la quercetina en más de un 70&nbsp;%, principalmente en la piel. También hay ejemplos de aplicación de la ingeniería en [[Solanum tuberosum|papas]] y en algunas forrajeras.
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