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La '''filogenia''' es la relación de parentesco deentre las[[especie]]s evolucioneso evolutivas[[Taxón|taxones]] de los seres vivosen general.<ref name=protistislopez&truyols>{{cita libro|autor=[[Nieves López Martínez|López Martínez, N.]] y [[Jaime Truyols Santonja|Truyols Santonja, J.]] | año= 1994| título= Paleontología. Conceptos y métodos| editorial= Síntesis| serie= Ciencias de la vida| volumen= 19| páginas= 334 (ver págs. 125 y 195| isbn= 84-7738-249-2}}</ref> Aunque el término también aparece en [[lingüística histórica]] para referirse a la clasificación de las lenguas humanas según su origen común, el término se utiliza principalmente en su sentido biológico.
 
La ''filogenética'' es la parte de la [[biología evolutiva]] que se ocupa de determinar la filogenia, y consiste en el estudio de las relaciones evolutivas entre diferentes grupos de organismos a partir de la distribución de los caracteres ancestrales primitivos y derivados en cada taxón, utilizando matrices de información de moléculas de ADN y de morfología.<ref name=lopez&truyols /><ref>{{cita web| título=phylogeny| editorial=Biology online| url=http://www.biology-online.org/dictionary/Phylogenetics| fechaacceso=Septiembre de 2012}}</ref> Con esta información se establecen los [[árbol filogenético|árboles filogenéticos]], base de la [[clasificación filogenética]]. Esta clasificación forma parte de la [[sistemática]], que además también comprende los sistemas de clasificación [[fenética]] y [[Taxonomía de Linneo|clásica o Linneana]].
 
La necesidad de descubrir la historia evolutiva de los organismos se inició con la publicación de ''[[El origen de las especies]]'' por [[Darwin]] en [[1859]]. La incorporación de teorías evolutivas en los sistemas de clasificación de los organismos es un proceso que hoy en día aún no está terminado (de Queiroz y Gauthier 1992).<ref>{{cita publicación
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