La iglesia es obra de [[Franciscovarios dearquitectos Mora]] (discípulodiscípulos de [[Juan de Herrera]], (arquitecto de El Escorial), que estuvo al frente de las obras durante veintidós años. Porpor eso, ael veces,monasterio se le denomina al monasterioes comodenominado el «Escorial de la Mancha».<ref>[http://www.spain.info/es/conoce/monumentos/cuenca/monasterio_de_ucles.html Monasterio de Uclés, el Escorial de la Mancha]. Instituto de Turismo de España. Consultado el 21/04/2013.</ref> Es deTiene cruz latina y tiene una sola nave, con cinco tramos y un coro elevado. Tiene sesenta y cinco metros de larga y doce de ancha. El [[Crucero (arquitectura)|crucero]] es más alto y se cierra en forma de linterna. La [[cúpula]] es de media naranja y está adornada con gajos sobre pechinas, es de [[Antonio Segura]]. El crucero está separado por una [[verja]] decorada con las armas reales y la cruz de Santiago. En su única nave se forman capillas laterales intercomunicadas (donde actualmente hay una exposición sobre la historia de la Orden de Santiago) que forman como dos naves laterales. Su construcción se terminó en 1598.
El retablo mayor original era de estilo greco-romano con tendencias barrocas y de él se conservan restos en su parte superior. Fue encargado a [[Francisco García Dardero]]. El resto fue destruido o expoliado por los republicanos durante la [[Guerra Civil Española|Guerra Civil]] y luego reconstruido en escayola. El cuadro de Santiago que preside el retablo es de [[Francisco Rizi]], pintor de [[Felipe IV de España|Felipe IV]], y ha sido restaurado recientemente.
