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Línea 1: La '''filogenia''' es la relación de parentesco entre [[especie]]s o [[Taxón\|taxones]] en general.<ref name=lopez&truyols>{{cita libro\|autor=[[Nieves López Martínez\|López Martínez, N.]] y [[Jaime Truyols Santonja\|Truyols Santonja, J.]] \| año= 1994\| título= Paleontología. Conceptos y métodos\| editorial= Síntesis\| serie= Ciencias de la vida\| volumen= 19\| páginas= 334 (ver págs. 125 y 195\| isbn= 84-7738-249-2}}</ref> Aunque el término también aparece en [[lingüística histórica]] para referirse a la clasificación de las lenguas humanas según su origen común, el término se utiliza principalmente en su sentido biológico. La ''filogenética'' es la parte de la [[biología evolutiva]] que se ocupa de determinar la filogenia, y consiste en el estudio de las relaciones evolutivas entre diferentes grupos de organismos a partir de la distribución de los caracteres primitivos y derivados en cada taxón, utilizando matrices de información de moléculas de ADN y de morfología.<ref name=lopez&truyols /><ref>{{cita web\| título=phylogeny\| editorial=Biology online\| url=http://www.biology-online.org/dictionary/Phylogenetics\| fechaacceso=Septiembre de 2012}}</ref> Con esta información se establecen los [[árbol filogenético\|árboles filogenéticos]], base de la [[clasificación filogenética]]. Esta clasificación forma parte de la [[sistemática]], que además también comprende los sistemas de clasificación ~~carajita pajua~~ [[fenética]] y [[Taxonomía de Linneo\|clásica o Linneana]]. La necesidad de descubrir la historia evolutiva de los organismos se inició con la publicación de ''[[El origen de las especies]]'' por [[Darwin]] en [[1859]]. La incorporación de teorías evolutivas en los sistemas de clasificación de los organismos es un proceso que hoy en día aún no está terminado (de Queiroz y Gauthier 1992).<ref>{{cita publicación Línea 23: [[Archivo:Cladogramasimple.png\|center\|thumb\|Árbol filogenético que muestra cómo después de un evento de aislamiento reproductivo entre dos poblaciones de la misma especie, apareció una mutación exitosa en cada subpoblación, que pasaron a diferenciarse entre ellas mediante la observación de los estados de sus caracteres.\|489x489px]] En el [[cladograma]], la especie 1 comparte con su ancestro todos los estados de ~~lonanannanas~~los caracteres salvo el tallo, que es leñoso. La especie 2 comparte a su vez con su ancestro todos los caracteres salvo el color de los pétalos, que es rojo. Las dos especies comparten entre sí todos los caracteres salvo la leñosidad del tallo y el color de los pétalos. En este ejemplo, se han establecido 2 '''linajes''': secuencias de poblaciones desde el ancestro hasta los descendientes. En los inicios de la sistemática, los caracteres utilizados para comparar a los grupos entre sí eran conspicuos, principalmente morfológicos. A medida que se acumuló más conocimiento se empezó a tomar cada vez más cantidad de caracteres crípticos, como los anatómicos, embriológicos, serológicos, químicos y finalmente caracteres del [[cariotipo]] y los derivados del [[análisis moleculares de ADN\|análisis del ADN]].

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