El clima de Puigcerdá es mediterráneo pirenaico, con inviernos muy fríos con temperaturas medias de 2ºC y -3ºC, y veranos suaves, con temperaturas oscilando entre los 12ºC y los 21ºC. La precipitación media en la llanura es de unos 700 mm. La nieve es muy común durante el invierno, dejando a veces varios episodios con espesores importantes. Puede helar durante todo el año, y durante el invierno hiela casi a diario. Cabe a destacar la gran amplitud térmica que hay durante el año y, especialmente, durante el verano, cuando a veces puede haber más de 20ºC de amplitud.