La Doctrina Presbiteriana se ocupa en poner especial atención a la exaltación de Dios, su soberanía y la así llamada doble [[predestinación]] (un plan de Dios mediante el cual escogió a sus hijos desde antes de la fundación del mundo). Esta última doctrina se enseña en muchas iglesias presbiterianas de forma más moderada y matizada de lo que aparece en la obra de Calvino. Otros documentos históricos que recogen enseñanzas de las Iglesias reformadas son el [[Catecismo de Heidelberg]] (1563) y la [[Segunda Confesión Helvética]] (1566). En la actualidad, también merece destacarse la Confesión de la Iglesia presbiteriana de Estados Unidos, que fue aprobada en 1967. La Iglesia presbiteriana acepta solamente dos sacramentos instituidos por [[Jesucristo]]: el [[Bautismo]] y la [[Eucaristía#En la Reforma Protestante|Santa Cena]].
Los presbiterianos creen que el bautismo es un sacramento instituido por Jesucristo en el cual la persona ingresa en la Iglesia y es ununa signoseñal del sello del pactoPacto de la gracia y de su nuevo nacimiento y del perdón de los pecados. El elemento externo utilizado es el agua y se bautiza a la persona en el nombre del Padre, del Hijo y del Espíritu Santo, ya que el bautismo se aplica solamente una vez en la vida. SeLa mayoría de presbiterianos practica el bautismo por aspersión, es decir, mojando solamente la cabeza del que se bautiza, sin necesidad de sumergir a la persona,otro sector minoritario en el movimiento bautiza creyentes con la edad suficiente para hacer una profesión de fe e incluye a sus hijos al Pacto con Dios a través de una dedicación pactal y se acepta cualquier bautismo realizado por otra denominación cristiana protestante evangélica reformada (excluyendo a la Iglesia católica, la Iglesia anglicana o la ortodoxa). El bautismo también se aplica a los niños.<ref>{{cita web |url=http://www.monergismo.com/textos/batismo/batismo_nicodemus.htm |título=Batismo de Crianças: Algumas Considerações|fechaacceso=13 de septiembre de 2011|autor=[[Augustus Nicodemus Lopes]] |idioma=Portugués |cita=Bautismo infantil}}</ref> La Santa Cena o Cena del Señor es el otro sacramento y ordenanza de los presbiterianos. Es una conmemoración del sacrificio que hizo Jesucristo en la cruz del Calvario. Los elementos externos son el pan y el vino, que representan el cuerpo y la sangre de Cristo, respectivamente. Por lo tanto, los presbiterianos no creen en la doctrina católica de la [[transustanciación]].
