En septiembre de 2017 fue acusado de [[sedición]] por la fiscalía, a raíz de las concentraciones de protesta durante la [[Operación Anubis]]. Por este motivo, la juezajuez [[Carmen Lamela]] decretó prisión sin fianza el 16 de octubre. El auto<ref>{{Cita web|url=http://estaticos.elperiodico.com/resources/pdf/5/3/1508184263235.pdf|título=Auto Lamela}}</ref> fue duramente criticado<ref>{{Cita web|url=https://www.ara.cat/politica/Junqueras-Demanem-PP-Fiscalia-Sanchez_0_1888611317.html|título=Onada de reaccions contra la presó incondicional de Sànchez i Cuixart: "No esteu sols. Us volem a casa"}}</ref> <ref>{{Cita web|url=https://www.eldiario.es/catalunya/politica/Abogados-alzamiento-tumultuario-Sanchez-Cuixart_0_698181120.html|título=Abogados catalanes creen que la jueza se ha inventado un tipo delictivo para encarcelar a Sànchez y Cuixart}}</ref>y varios medios de comunicación publicaron pruebas que contradecían partes del texto de la decisión judicial.<ref>{{Cita web|url=https://www.lavanguardia.com/politica/20171017/432142495111/video-jordi-cuixart-jordi-sanchez-disolver-manifestacion-economia.html|título=Un vídeo muestra cómo Cuixart y Sànchez intentaron disolver la manifestación de Economia}}</ref> En más de una ocasión, [[Amnistía Internacional]] ha pedido su puesta en libertad inmediata, considerando que el cargo de sedición y el encarcelamiento preventivo de Cuixart y Sànchez son "excesivos", pero ha dejado claro que no los considera "[[preso político|presos políticos]]".<ref name='"ElMundo08112017"'>{{cita noticia|título=Amnistía no ve como presos políticos a los dirigentes catalanes detenidos|url=http://www.elmundo.es/cataluna/2017/11/08/5a033877e5fdea2e408b45d0.html|fechaacceso=20 de abril de 2018|editorial=El Mundo|fecha=8 de noviembre de 2017}}</ref><ref name='"AI18102017"'>{{cita web|título=Spain: Charges for sedition and pre-trial detention against Jordi Cuixart and Jordi Sanchez are excessive|url=https://www.amnesty.org/en/documents/eur41/7308/2017/en/|editorial=Amnistía Internacional|fecha=18 de octubre de 2018|fechaacceso=20 de abril de 2018}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://elpais.com/politica/2018/10/15/actualidad/1539612446_070768.html|título=Amnistía Internacional ve “injustificable” la prisión de Jordi Sànchez y Jordi Cuixart}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://www.eldiario.es/catalunya/politica/Amnistia-Internacional-libertad-Jordis-encarcelamiento_0_825217819.html|título=Amnistía Internacional exige la libertad de los Jordis cuando se cumple un año de su encarcelamiento}}</ref>
En julio de 2018 fue trasladado de la [[Prisión de Soto del Real]] al Centro Penitenciario de Lledoners, hasta que fue trasladado de nuevo a Madrid en febrero de 2019 para la celebración del [[Juicio al proceso independentista catalán|juicio]]. En noviembre de 2018 la [[Organización Mundial Contra la Tortura]] también ha pedido su puesta en libertad<ref>{{Cita web|url=http://www.omct.org/monitoring-protection-mechanisms/urgent-interventions/spain/2018/11/d25127|título=End the arbitrary pre-trial detention of social leader Mr. Jordi Cuixart}}</ref>. El [[PEN Club Internacional|Pen Club]] y la Asociación Internacional de Juristas Democráticos ([[:en:International Association of Democratic Lawyers]]) también han pedido la puesta en libertad de los "prisioneros políticos catalanes".<ref>[https://pen-international.org/fr/nouvelles/statement-on-the-imprisoned-catalan-writers-and-civil-society-leaders ''Statement on the imprisoned Catalan writers and civil society leaders''], 21 Enero 2019</ref><ref>{{Cite web|url=http://iadllaw.org/2018/12/iadl-calls-for-release-of-catalan-political-prisoners/|title=IADL calls for release of Catalan political prisoners|last=|first=|date=3 de diciembre de 2018|website=International Association of Democratic Lawyers|archive-url=|archive-date=|dead-url=|access-date=30 de diciembre de 2018}}</ref>
