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[[Archivo:A thaliana metabolic network.png|thumbnail|275px|derecha|Red metabólica del [[ciclo de Krebs]] de la planta ''[[Arabidopsis thaliana]]''. Las enzimas y los [[metabolómica|metabolitos]] se muestran en rojo y las interacciones mediante líneas.]]
 
El método clásico para estudiar el metabolismo consiste en un enfoque centrado en una [[ruta metabólica]] específica. Los diversos elementos que se utilizan en el organismo son valiosos en todas las categorías [[Histología|histológicas]], de [[Tejido (biología)|tejidos]] a células, que definen las rutas de los precursores hacia su producto final.<ref>Rennie M., [http://journals.cambridge.org/action/displayAbstract?fromPage=online&aid=1053640&fileId=S002966519900124X “An introduction to the use of tracers in nutrition and metabolism”,] ''P Nutr Soc'' 1999, 58 (4): 935-944. PMID 10817161.</ref> Las enzimas que catabolizan esas reacciones químicas pueden ser purificadas para estudiar su [[cinética enzimática]] y las respuestas que presentan frente a diversos [[Inhibidor enzimático|inhibidores]]. Otro tipo de estudio que se puede llevar a cabo en paralelo es la identificación de los [[metabolito]]s presentes en una célula o tejido (el estudio del conjunto de esas moléculas se denomina [[metabolómica]]). Los estudios de ese tipo ofrecen una visión de las estructuras y funciones de rutas metabólicas simples pero son inadecuados cuando se quieren aplicar a sistemas más complejos como el metabolismo global de la célula.<ref>Phair R., [http://www.metabolismjournal.com/article/S0026-0495(97)90154-2/abstract?cc=y= “Development of kinetic models in the nonlinear world of molecular cell biology”,] ''Metabolism'' 1997, 46 (12): 1489-1495. PMIDalejandra 9439549.</ref>la fea
 
En la imagen de la derecha se puede apreciar la complejidad de una [[red metabólica]] celular que muestra interacciones entre tan solo cuarenta y tres proteínas y cuarenta metabolitos, secuencia de [[genoma]]s que provee listas que contienen hasta 45.000 [[gen]]es.<ref>Sterck L., Rombauts S., Vandepoele K., Rouzé P. y Van de Peer Y., [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17289424"How many genes are there in plants (… and why are they there)?",] ''Curr Opin Plant Biol'' 2007, 10 (2): 199-203. PMID 17289424.</ref> Sin embargo, es posible usar esta información para reconstruir redes completas de comportamientos bioquímicos y producir más modelos matemáticos [[Holismo|holísticos]] que puedan explicar y predecir su comportamiento.<ref>Borodina I. y Nielsen J., [http://www.researchgate.net/publication/7782357_From_genomes_to_in_silico_cells_via_metabolic_networks "From genomes to in silico cells via metabolic networks",] ''Curr Opin Biotechnol'' 2005, 16 (3): 350-355. PMID 15961036. DOI: 10. 1016/j. copbio. 2005. 04. 008.</ref> Estos modelos son mucho más efectivos cuando se usan para integrar la información de las rutas y de los metabolitos obtenida por métodos clásicos con los datos de [[expresión génica]] logrados mediante estudios de [[proteómica]] y de [[Chip de ADN|chips de <small>ADN</small>]].<ref>Gianchandani E., Brautigan D. y Papin J., [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000406000843 "Systems analyses characterize integrated functions of biochemical networks",] ''Trends Biochem Sci'' 2006, 31 (5): 284-291. PMID 16616498. DOI:10. 1016/j.tibs. 2006. 03. 007.</ref>