Cuando existe [[hernia hiatal]], se puede usar la alternativa quirúrgica para el tratamiento del RGE. La cirugía más utilizada es la [[fundoplicación de Nissen|fundoplicatura de Nissen]]. En esta cirugía se toma parte del fondo gástrico y se tracciona alrededor del EEI, posteriormente se fija. Esto cura la hernia hiatal. Es efectivo para los pacientes que han mostrado respuesta adecuada a los inhibidores de bomba de protones. Los pacientes refractarios a este tratamiento son malos candidatos para esta cirugía. Anteriormente se usaban técnicas diferentes a la fundoplicatura de Nissen o de Toupet. Lo que se buscaba era fijar el hiato esofágico al EEI, pero la efectividad de la cirugía no tenía buen pronóstico. Posteriormente se hacían cirugías como la gastropexia de Hill, en la cual se fija la curvatura mayor del estómago a la pared abdominal anterior, aunque la efectividad de la cirugía era mejor, muchos de los pacientes seguían teniendo ERGE después del tratamiento quirúrgico, por lo que se propusieron las fundoplicaturas.
Hay que tener claro que el reflujo se da por una falla de los nervios que controlan el cardias(funciona como una puerta automática) más específicamente el nervio vago, en la actualidad existen tratamientos enfocados a esa falla nerviosa como el procedimiento Endostim y procedimiento Stretta que usan la neuroestimulacionneuroestimulación como técnica base, otro tratamiento novedoso es la Mucosectomiamucosectomia Antianti-reflujo que crea una especie de cicatriz en el cardias para una mejor función cabe resaltar que estos tratamientos tienen pocos estudios sobre su efectividad.
