Después de tres años sin entrenar, el 13 de febrero de 2012 se anunció su regreso a los banquillos, esta vez en el [[SC Heerenveen]], sustituyendo en el cargo a [[Ron Jans]].<ref>{{Cita web |url=http://futbol.as.com/futbol/2012/02/13/mas_futbol/1329087636_850215.html |título=Van Basten entrenará al Heerenveen a partir de julio |fechaacceso=9 de febrero de 2014 |autor=[[Agencia EFE]] |fecha=13 de febrero de 2012 |sitioweb=[[As (periódico)|AS]]}}</ref> Estuvieron las primeras jornadas de la [[Eredivisie 2012/-13|Eredivisie]] en la zona baja de la clasificación, y a mitad de temporada estaban en el puesto 13.º. Sin embargo, desde la jornada 25 el equipo fue ganando posiciones hasta terminar en octavo lugar, que les diodándoles acceso a disputar ella "[[play-off]]"eliminatoria paraa la [[Europa League]].<ref>{{Cita web |url=http://www.emol.com/noticias/deportes/2013/05/12/598239/twente-con-gutierrez-supero-al-psv-de-cara-a-playoffs-clasificatorio-a-europa-league.html |título=Twente con Gutiérrez superó al PSV y jugará playoffs clasificatorios a la Europa League |fechaacceso=28 de mayo de 2013 |fecha=12 de mayo de 2013 |sitioweb=[[EMOL]]}}</ref> En dicho "play-off" seSe enfrentaron al Utrecht, pero fueron derrotados en ambos partidos.<ref>{{Cita web |url=http://www.vavel.com/es/internacional/holanda/238610-el-utrecht-sigue-adelante.html |título=El Utrecht sigue adelante |fechaacceso=28 de mayo de 2013 |autor=Sánchez, Alberto |fecha=19 de mayo de 2013 |sitioweb=[[Vavel]]}}</ref> ElEn la siguiente temporada los resultados fueron mejores, llegando a estar situados en el tercer lugar al comienzo de temporada. Sin embargo, el 29 de enero de 2014 anunciaanunció que no continuarácontinuaría en el Heerenveen la próximasiguiente temporada,<ref>{{Cita web |url=http://www.goal.com/en/news/462/netherlands/2014/01/29/4579314/van-basten-to-walk-away-from-heerenveen |título=Van Basten to walk away from Heerenveen |fechaacceso=9 de febrero de 2014 |autor=Devine, Christopher |fecha=29 de enero de 2014 |sitioweb=[[goal.com]]}}</ref> dejándolodejando su puesto en el 5.º puestolugar ende la [[Eredivisie 2013/-14|Eredivisie]].
