Mayr nació en [[Baviera|Bavaria]] y estudió [[teología]] en la [[Universidad de Ingolstadt]], continuando sus estudios en [[Italia]] desde [[1787]]. Estaba asociado cercanamente con los [[Illuminati|Illuminati bávaros]] de [[Adam Weishaupt]] mientras era un estudiante en Ingolstadt, y los ideales de los [[Ilustración|franceses de la Ilustración]] eran una fuerte influencia en su filosofía como músico, como es corroborado por su famoso ''Zibaldone'' o "Cuaderno", compilado hacia el final de su carrera.