La causa más frecuente de epididimitis es infecciosa. En hombres que son sexualmente activos, el organismo más común es la ''[[Chlamydia trachomatis]]'', aunque también se ve con frecuencia infecciones por [[Escherichia coli|''E. coli'']] y ''[[Neisseria gonorrhoeae]]''. En niños, por lo general suele haber una previa infección, por lo general [[virus|viral]] o una asociación a anormalidades del [[sistema urinario]]. Antes de la [[pubertad]] el ''E. coli'' es el agente más común, así como en la [[tercera edad]] y en hombres [[Homosexualidad|homosexuales]]. La epididimitis puede ser dificildifícil de distinguir de una [[torsión testicular]] y a menudo suelen ser enfermedades concomitantes. También pueden aparecer epididimitis de causas no infecciosas, incluyendo posquirúrgicos como la [[vasectomía]].<ref name="pmid10785217">{{Cita revista |autor=Schwingl PJ, Guess HA |título=Safety and effectiveness of vasectomy |revista=Fertil. Steril. |volumen=73 |número=5 |páginas=923–36 |año=2000 |pmid=10785217|doi=10.1016/S0015-0282(00)00482-9}}</ref><ref name="pmid8237740">{{Cita revista |autor=Raspa RF |título=Complications of vasectomy |revista=American family physician |volumen=48 |número=7 |páginas=1264–8 |año=1993 |pmid=8237740 |doi=}}</ref> La epididimitis química suele ser consecuencia de [[fármaco]]s como la [[amiodarona]].<ref name="amiodarone">{{Cita revista |autor=Ibsen HH, Frandsen F, Brandrup F, Møller M |título=Epididymitis caused by treatment with amiodarone |revista=Genitourin Med |volumen=65 |número=4 |páginas=257–8 |año=1989 |mes=August |pmid=2807285 |pmc=1194364 |doi= |url=}}</ref>
