Los bits 13, 2, y 31, de la palabra de control, indican el modo de operación del contador. Cada contador puede programarse en uno de seis modos de operación. Para programarlo, se envía al registro ''Control Word'' del chip la información de cómo se quiere que trabaje el contador y luego se envía al contador el valor inicial de conteo. Entonces el contador comenzará a funcionar de acuerdo a lo previsto en el modo de operación.
Al programar los modos 2 y 3, el bits más significativo del modo de operación, bit 3 de la palabra de control, es ignorado, y no importa su valor.