El descanso de Crash en la playa de su isla se ve interrumpido por un nuevo intento de [[Doctor Neo Cortex|Cortex]] de acabar con él. Tras hacer fracasar ese intento, Crash, junto con [[Doctor Neo Cortex|Cortex]], descubre un nuevo y poderoso par de villanos provenientes de la Décima Dimensión llamados Victor y Moris. Ya que de niño Cortex los teletransportó a otra dimensión, ellos buscan venganza y poder conquistando el mundo. Ahora Crash y Cortex tendrán que cooperar para salvar el pellejo y el mundo.
== Modo de juego ==
En este juego el jugador básicamente controla a Crash, pero ocasionalmente será necesario manejarlo en diferentes combinaciones con Cortex, a Cortex solo, a su sobrina Nina o, si no, héroes como Mechabandicoot, claro que es manejable únicamente en la última parte.
A diferencia de juegos anteriores, los dieciséis niveles de ''Crash Twinsanit''' no están plenamente definidos ni separados por un portal, sino que se entremezclan linealmente, y los puntos para guardar son cajas distribuidas por estos mundos y no pantallas gigantes. Una vez han sido superados, se puede volver a ellos, pero hay que utilizar caminos más o menos ocultos que incluyen cuevas, plataformas de ascenso, portales interdimensionales, un dirigible y un barco.
Este juego presenta diez jefes de nivel y varios tipos de enemigos menores. Por el camino se deben conseguir doce cristales, los cuáles se obtienen automáticamente al avanzar en el juego. También ayudan las consabidas frutas wumpa y las máscaras Aku-Aku para Crash y las de Uka-Uka para Cortex y Nina. Algo más difíciles de conseguir serán las gemas, seis por nivel, que se obtienen a través de diferentes acertijos o puzzles de habilidad repartidos por los escenarios. Estas gemas dan acceso a material extra como videos o esbozos de los personajes; además, al reunir las noventa y seis gemas se desbloqueará el último de estos videos.
