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Weber estudió en la [[Universidad de Bonn]], luego en la [[Universidad Humboldt]], en Berlín, con el zoólogo [[Eduard Carl von Martens]] (1831-1904). Obtuvo su doctorado en 1877. Weber, profesor en la [[Universidad de Utrecht]], participó a continuación en una expedición al [[mar de Barents]]. Después de esto, en 1883 se convirtió en profesor de Zoología, Anatomía y Fisiología en la [[Universidad de Ámsterdam]]. En el mismo año fue nacionalizado neerlandés. Se casó con [[Anna Antoinette Weber-van Bosse]], una botánica holandesa.
 
El dibujó la línea de Weber que encierra la región en la que la [[fauna]] de [[mamífero]]s es exclusivamente de [[Australasia]]. La linealínea de Weber es una alternativa a la [[línea de Wallace]].
 
Como es el caso de las especies de plantas, las campañas de reconocimiento revelaron que para la fauna de los grupos de vertebrados, con excepción de las aves, la línea de Wallace no era el límite biogeográfico más importante. El grupo de las [[islas Tanimbar]], y no la frontera entre las islas de [[Bali]] y [[Lombok]], parece ser la interfaz principal entre las regiones oriental y Australasia para los mamíferos y otros grupos de vertebrados terrestres. Así, para muchos invertebrados, aves y mariposas, esta interfaz está mejor representada por la línea de Weber que por la línea de Wallace.<ref>http://www.irgltd.com/Resources/Publications/ANE/2004-02%20Indonesia%20Biodiversity%20and%20Tropical%20Forest.pdf page 3-82</ref>
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