En [[1993]] el proyecto cambiocambió a [[Microsoft Access]], y en [[1995]] se produjo el primer [[CD-ROM]] llamado "FishBase 100". Los comentarios en las revistas científicas si bien alabaron el alcance y la idea, destacaron que había numerosos huecos en la información provista. Las ediciones de CD posteriores se han venido editando con una frecuencia anual, la versión de FishBase 2004 por su volumen requería de cinco CD, o un DVD. Para poder visualizarse el sistema requiere [[Windows 98]] o posterior, y no está disponibles en otras plataformas como [[Mac OS X]] o [[Linux]].
FishBase estuvo disponible por primera vez en la [[World Wide Web|Web]] en agosto de [[1996]], al año siguiente se contrató un [[webmaster]]. Al tiempo, toda la información de la base de datos estuvo disponible para consulta a través de la red.
