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Nació en un hogar de modestos campesinos arequipeños. Cursó sus estudios primarios en su pueblo natal, y los secundarios en el Colegio Nacional San Luis Gonzaga de [[Chuquibamba]]. En [[1920]] se trasladó a [[Lima]], donde se relacionó con el médico [[Hermilio Valdizán]] y el químico [[Ángel Maldonado]], con quienes compartió sus conocimientos de medicina popular. Sobre ese tema colaboró entre [[1921]] y [[1923]] en la ''Revista de Psiquiatría y Ciencias Conexas'', cuyo director era entonces el doctor [[Honorio Delgado]].
En [[1924]] ingresó a trabajar con el doctor [[Julio C. Tello]] en el Seminario de Antropología de la [[Universidad Nacinal Mayor de San Marcos]]. Bajo la orientación del mismo Tello, pasó al servicio del Museo de Arqueología Peruana como preparador (1925-1929) y conservador (1929-1931). Ejerció luego como auxiliar del Instituto de Investigaciones Antropológicas, una rama de dicho museo (1931-1945). Convertido este museo en [[Museo Nacional de Arqueología, Antropología e Historia del Perú|Museo Nacional de Antropología y Arqueología]], Mejía asumió como jefe de su Departamento de Exploraciones Arqueológicas (1945-1947). En 1947 fue nombrado subdirector del Museo, cargo que ocupó hasta su jubilación en 1966, cuando fue nombrado director emérito. Simultáneamente fue Inspector General de Monumentos Arqueológicos (1947-1948) y catedrático de Arqueología Incaica en la Universidad de San Marcos (1946-1953).
En lo que respecta al trabajo de campo arqueológico, participó en las excavaciones realizadas en Asia y Paracas (1925-1926), Ica (1927) y nuevamente en Paracas (1927-1930), apoyando a Tello. Entre 1930 y 1937 recorrió el [[valle del Mantaro]], así como los valles del Rímac, Nepeña y Casma, lugares todos donde realizó importantes descubrimientos. En [[Cumbemayo]] (Cajamarca) descubrió un acueducto megalítico. En 1941 excavó en [[Chavín de Huántar]], donde organizó el primer museo de sitio del Perú. En 1942 excavó diversos sitios ubicados en los valles del Mantaro, Apurímac y Urubamba. Por esa misma época realizó excavaciones en [[Pachacámac (sitio arqueológico)|Pachacámac]] y en [[1945]] tomó parte en las excavaciones de [[Distrito de Ancón|Ancón]], actividad que continuó hasta después de la muerte de Tello en 1947. Entre 1957 y 1960 realizó exploraciones y excavaciones en los valles de Ica y Piura.
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