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Durante esos tiempos, las formas de disecar cadáveres eran más bien escasas y caras, y Ruysch se involucró a encontrar una manera de preservar los órganos. En 1661 se casó con la hija de un arquitecto neerlandés, llamado [[Pieter Post]]. Se graduó en 1664 con un trabajo sobre [[Pleuritis]].
En 1667 se convirtió en praelector del gremio de cirujanos de Ámsterdam. En 1668 fue nombrado instructor en jefe de las [[Matrona|matronas]] de la ciudad, ya no se les permitía ejercer su profesión hasta que fueron examinadas por Ruysch. En 1679 fue nombrado como asesor forense de los tribunales de
Ruysch comenzó investigaciones de muchas zonas de la anatomía y fisiología humana, con la intención de preservar los órganos, y reunió una de las colecciones anatómicas más famosas de Europa.
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