La PCR ''in situ'' consiste en una reacción de PCR por la gravedad en secciones [[histología|histológicas]] o [[célula]]s, donde los productos generados pueden visualizarse en el sitio de amplificación. Es realizada sobre preparaciones fijas en un [[portaobjeto]]s. En la técnica de PCR ''in situ'' se realiza una primera amplificación de ADN blanco y luego detección mediante [[hibridación in situ|hibridación ''in situ'']] convencional con [[Sonda molecular|sondas]] de ADN/ARN. De esta manera pueden detectarse cantidades pequeñísimas de [[genoma]]. Esta tecnología es de gran alcance en la capacidad de amplificar específicamente una [[población]] de secuencias de menor representación.
