Después de la violencia en Valencia, Aymerich buscó refugio de las represalias de Juan en una iglesaiglesia, pero dos años más tarde, se retiró a Aviñón, donde permaneció hasta la muerte de Juan I. En Aviñón Aymerich se dedicó a la defensa de la legitimidad de Clemente VII como papa. Permaneció en Aviñón tras la muerte de Clemente en 1394, apoyando por escrito al sucesor el antipapa [[Benedicto XIII de Aviñón|Benedicto XIII]]. Tras la muerte de Juan I en 1396, Aymerich retornó al monasterio dominico en Gerona, donde permaneció hasta su muerte el 4 de enero de 1399. suSu epitafio lo describe como ''praedicator veridicus, inquisitor intrepidus, doctor egregius''.
