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La figura de la Auditoría General de la República nació en la constituyente de 1991 por medio de la asignación de un auditor para la vigilancia de la gestión fiscal de la Contraloría General de la República. De esta forma, la Constitución Política se ocupó de garantizar la vigilancia de los órganos que ejercen control fiscal en el país facultando a una entidad especializada y autónoma para ello, con el fin de velar por la transparencia y eficacia del proceso.
 
Posteriormente, la [http://www.alcaldiabogota.gov.co/sisjur/normas/Norma1.jsp?i=3425 Ley 106 de 1993] le dio por primera vez organización administrativa a la Auditoría y la adscribió al Despacho del Contralor General, acción que sería declarada inexequible en la Sentencia C-499 del 15 de septiembre de 1998 , puesto que equivaldría una subordinación y dependencia de la Auditoría a la Contraloría que en este caso es el sujeto vigilado. Esta sentencia le devolvió la independencia a la entidad y por consiguiente la posibilidad de ejercer un control libre e imparcial de la función. Por lo anterior se dotó a la entidad de autonomía administrativa, presupuestal y jurídica.
 
En 1993 '''Alberto Yepes Mora''' inició la actividad de Auditor General en propiedad para realizar auditoría externa ante la CGR. Durante su administración se estableció una planta de personal calificado y se obtuvieron los recursos físicos para el funcionamiento de la entidad. En 1995 '''Alcira Hernandez Maldonado''' se posesionó ante el Consejo de Estado como Auditora para un periodo de dos años, en el cual se destacó la ejecución del control fiscal efectuado a la CGR y al Fondo de Bienestar de esa entidad, mediante diferentes ejercicios de auditoría. En 1997 y 1998, de la mano de '''Hernán Alonso Mazo Giraldo''', se organizó el nivel seccional de la Auditoría, se diseñaron sistemas de rendición y revisión de cuentas y se establecieron los procedimientos y sistemas administrativos.
En 2007 '''Ana Cristina Sierra de Lombana''' es nombrada auditora y durante su periodo se encarga de implementar el Sistema Estándar de Control Interno - MECI- y las guías metodológicas para la realización de auditorias de impacto al SGP - salud, patrimonio cultural y medio ambiente-. '''Iván Darío Gómez Lee''' asume en el año 2009 y desarrolla el proyecto Contratación visible, el programa Auditores universitarios y la Academia virtual. En 2011 '''Jaime Raúl Ardila Barrera''' es elegido para asumir el cargo e implementa el programa Pedagogía, prevención y control social, continua con el legado de Auditores universitarios y contribuye a la promoción de procesos de reingeniería del control fiscal. Actualmente, '''Laura Emilse Marulanda Tobón''' ejerce como Auditora General de la República.
 
En la actualidad, la Auditoría implementa un proyecto de participación ciudadana, que tiene como objetivo fortalecer el control social a la gestión fiscal en el país, capacitando a la ciudadanía sobre las funciones propias de las contralorías y promoviendo la conformación de veedurías ciudadanas calificadas, muchas de las cuáles ya han sido constituidas. Es también labor de la AGR la implementación de una metodología para establecer la valoración de costos ambientales en el país.
 
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