Haniyeh nació en el [[Al-Shati]] campo de refugiados en la [[Franja de Gaza]] ocupada por [[Egipto]]. Sus padres se convirtieron en refugiados, después de haber sido expulsados de sus hogares en Majdal ([[Ashkelon]], [[Israel]]) durante la [[Guerra árabe-israelí]] de 1948 por las milicias judías. En 1987, se graduó en la [[Universidad Islámica de Gaza]] con un título en [[literatura árabe]]. En 1989, fue encarcelado durante tres años por las autoridades israelíes por participar en la [[Primera Intifada]] y la pertenencia a Hamás. Tras su liberación en 1992, se exilió en el [[Líbano]] con [[Ahmed Yassin]], [[Ábdel Aziz ar-Rantisi]]- y otros altos políticos de Hamás. Un año más tarde, regresó a Gaza y fue nombrado decano de la Universidad Islámica.