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En [[2004]], fue cesado como Secretario de Estado tras ganar las elecciones el [[PSOE|partido socialista]], siendo condecorado con la Gran Cruz de la [[Orden de Isabel la Católica]].<ref>[http://www.boe.es/boe/dias/2004/05/24/pdfs/A19364-19364.pdf Boletín Oficial del Estado 7 de Mayo de 2004]</ref>
Desde entonces participa en los [[consejos de administración]] de varias grandes empresas españolas, siendo elegido en [[2006]] consejero no ejecutivo de Caja Madrid, por los impositores, a propuesta del [[Partido Popular]], y posteriormente fue nombrado también vicepresidente no ejecutivo de la entidad.<ref>{{cita web |url=http://hemeroteca.abc.es/nav/Navigate.exe/hemeroteca/madrid/abc/2006/07/18/082.html |título=El PSOE pierde poder en Caja Madrid, que elige vicepresidente a Estanislao Rodríguez Ponga |fechaacceso=9 de noviembre |añoacceso=2012 |apellido=Gómez |nombre=V |fecha=18/7/2006 |obra=ABC |idioma= |cita= }} </ref> Es tesorero del Colegio de Economistas de Madrid y directivo de [[El Corte Inglés]]. Pertenece al consejo de administración de Testa y preside su comisión de auditoría.<ref>[http://www.europapress.es/economia/noticia-economia-empresas-estanislao-rodriguez-ponga-presidente-comision-auditoria-testa-sacyr-20130326130325.html Estanislao Rodríguez Ponga, presidente de la Comisión de Auditoría de Testa (Sacyr)]</ref>Es miembro del patronato de la Fundación Renal Íñigo Álvarez de Toledo, institución sin ánimo de lucro de asistencia médica. <ref>[http://www.rrhhpress.com/index.php?option=com_content&view=article&id=14237:estanislao-rodriguezponga-nuevo-patrono-de-la-fundacion-renal-inigo-alvarez-de-toledo&catid=88:nombramientos&Itemid=269 Estanislao Rodríguez–Ponga, nuevo patrono de la Fundación Renal Iñigo Álvarez de Toledo]</ref>
En febrero de 2005, lael juez [[AudienciaBaltasar NacionalGarzón]], a propuesta de la [[FiscalíaAudiencia AnticorrupciónNacional]], lelo citó a declarar como imputado, en su calidad de exasesor del BBV, en relación con un posible delito contra la Hacienda Pública, ena la compra, en 1995, del banco mexicanomejicano Probursa por parte de la mencionada entidad bancaria, al considerar la Fiscalía Anticorrupción, que eldel [[BBV llevó a cabo la citada operación a través de un entidad especialmente creada a este efecto en Puerto Rico (BBV International Investment Corporation Puerto Rico)]].<ref>{{cita web |url=http://economia.elpais.com/economia/2005/02/14/actualidad/1108369983_850215.html |título=Ybarra y Rodríguez-Ponga declararán el martes como imputados por la compra de Probursa |fechaacceso=9 de noviembre |añoacceso=2012 |apellido= |nombre=|fecha=14/2/2005 |obra=El país |idioma= |cita= }} </ref> <ref>{{cita web |url=http://hemeroteca.abc.es/nav/Navigate.exe/hemeroteca/madrid/abc/2005/02/15/084.html |título=Solbes resolvió en junio que no hubo fraude fiscal en la operación Probursa-BBVA |fechaacceso=9 de noviembre |añoacceso=2012 |apellido=Gómez |nombre=Y |fecha=15/2/2005 |obra=Diario ABC |idioma= |cita= }} </ref>
<ref>{{cita web |url=http://hemeroteca.lavanguardia.com/preview/2005/02/16/pagina-64/33699749/pdf.html?search=rodriguez%20ponga |título=Rodríguez-Ponga afirma que recibió órdenes de su jefe en el caso BBV pero éste lo niega. El ex secretario de Estado de Hacienda se contradice con el titular de la asesoría fiscal del banco |fechaacceso=16 de diciembre |añoacceso=2012 |apellido= |nombre= |fecha=16/2/2005 |obra=La Vanguardia |idioma= |cita= }} </ref>
En octubre dedel mismo 2005año, el titular del Juzgado Central de Instrucción número 5juez de la Audiencia Nacional, [[Fernando Grande Marlaska]], sobreseyó esta causa contra Rodríguez Ponga y otros dos ex directivos de BBVA al no encontrar indicios de criminalidad.<ref>{{cita web |url=http://economia.elpais.com/economia/2005/10/10/actualidad/1128929582_850215.html |título=El juez sobresee la causa contra tres ex directivos de BBVA al no encontrar indicios de criminalidad |fechaacceso=16 de diciembre |añoacceso=2012 |apellido= |nombre= |fecha=17/10/2005 |obra=Diario el País |idioma= |cita= }} </ref>
En julio de 2012, fue imputado por el juez [[Fernando Andreu]] de la [[Audiencia Nacional]], a raíz de una querella presentada por el colectivo [[15MpaRato]] y [[UPyD]] contra todos los miembros del consejo de administración de [[Bankia]] y su matriz, el [[Banco Financiero y de Ahorros]], cuando la primera salió a bolsa, por los delitos de [[estafa]], [[apropiación indebida]], falsificación de las [[cuentas anuales]], intervención fraudulenta y desleal y maquinación para alterar el precio de las cosas. <ref>http://www.cadenaser.com/espana/articulo/15m-presenta-querella-rato/csrcsrpor/20120614csrcsrnac_14/Tes</ref><ref> {{cita web |url=http://www.elmundo.es/elmundo/2012/06/11/economia/1339419529.html |título=UPyD se querella contra todo el consejo de Bankia y su matriz por estafa |fechaacceso=26 de noviembre |añoacceso=2012 |apellido= |nombre= |fecha=11/6/2012 |obra=El mundo |idioma= |cita= }}</ref> <ref>{{cita web |url=http://www.lavanguardia.com/economia/20120704/54321085906/rato-olivas-acebes-citados-como-imputados-bankia.html |título=La Audiencia Nacional cita como imputados a Rato, Olivas y Acebes en la causa sobre Bankia |fechaacceso=10 de noviembre |añoacceso=2012 |apellido= |nombre= |fecha=14/7/2012 |obra=La Vanguardia |idioma= |cita= }} </ref>
En octubre de 2014 se hizo público que, mientras era miembro del Consejo de Administración y de la Comisión de Control de Cajamadrid, dispuso de alrededor de 255.400 euros con cargo a la entidad. <ref>{{cita web |url=http://elpais.com/elpais/2014/10/01/media/1412191507_747465.html |título=Gastos cargados a las "tarjetas fantasma" / Economía / EL PAIS |fechaacceso=3 de octubre |añoacceso=2014 |apellido= |nombre= |fecha=3/10/2014 |obra=EL PAIS |idioma= |cita= }} </ref>
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