Muchos de los trabajos de Pontormo se han dañado, incluyendo las lunetas para el claustro en el monasterio de cartujo de Galluzo. La más trágica es la pérdida de los frescos inacabados para la iglesia de San Lorenzo que se perdieron. Sus frescos representaron un día de juicio integrado por un mosaico inquietante de figuras. En la película de [[Giovanni Fago]], ''Pontormo, un amor herético'', se evoca su soledad y en última instancia lo paranoico de su proyecto. Los dibujos restantes, demostrando jirones extraño y místicos de cuerpos que tenían un efecto casi alucinante. La figura florentina de la pintura había tensionado principalmente las figuras esculturales lineales y verticales. Jesús en la pared de la capilla de Sistina es un bloque pintado masivo, en su juicio; por el contrario, el Jesús del juicio final de Pontormo se retuerce sinuosamente, como si bailara con los cielos en la danza final. Los montones de ángeles se amontonan sobre él. En su juicio final, Pontormo fue contra la tradición ilustrada y teológica colocando a Dios Padre en los pies de Cristo, en vez de una posición preponderante, una idea Vasari encontró profundamente perturbadora:
[[File:Pontormo (Jacopo Carucci) (Italian, Florentine) - Portrait of a Halberdier (Francesco Guardi?) - Google Art Project.jpg|thumb|210px|Entre 1989 y 2002, el cuadro de Pontormo ''Retrato de un alabardero'' se mantuvo como la obra más cara de un viejo maestro. La adquirió en subasta el [[Getty Center]] de [[Los Ángeles]] por 35,2 millones de dólares.]]
