Sus obras y opiniones, muy críticas con el pensamiento [[políticamente correcto]] y con los restos de [[mayo del 68]], le pusieron en el punto de mira de algunos medios, que lo acusaron de misógino, decadente, reaccionario, xenófobo, illuminati, reptiliano, peronista, allendista-pinochetista y racista, lo cual sólo hizo que aumentaran su popularidad y sus ventas. Por si fueran pocos los reproches, debido a algún pasaje de ''Plataforma'', donde aparece el tema del [[yihadismo|terrorismo islamista]], se le sumó el de ''[[islamófobo]]''. Como no se puede denunciar a nadie por lo que opine un personaje de ficción, la oportunidad para sus detractores vino a raíz de una entrevista en la revista literaria ''Lire'', publicada en septiembre de 2001, en la que afirmó que ''«la religión más idiota del mundo es el Islam»'' y que ''«cuando lees el Corán se te cae el alma a los pies»''. Fue entonces denunciado por varias agrupaciones islámicas y de derechos humanos por "injuria racial" e "incitación al odio religioso". El juicio, celebrado en [[París]] en octubre de 2002, dividió a la comunidad intelectual internacional entre defensores y detractores de la libertad de expresión, que recordó el [[Salman Rushdie|caso Rushdie]]. Fue absuelto de todos los cargos: el juez argumentó en la sentencia que la crítica a la religión es perfectamente legítima en un estado laico. La polémica por su presunto antieslamismo se reavivó en 2015 con la publicación de ''Sumisión'', novela en la que plantea los profundos cambios que sufre la sociedad francesa desde el año 2022, cuando asume como presidente el islamista Mohammed Ben Abbes.<ref>[http://zonaliteratura.com/index.php/2015/04/25/michel-houellebecq-los-porques-de-la-polemica-alrededor-de-sumision/ Michel Houellebecq: los porqués de la polémica alrededor de Sumisión, 25/04/2015]</ref> Adorado por sus incondicionales ([[Fernando Arrabal]] le considera el mejor escritor francés vivo) y denostado como pornógrafo, misógino y racista por sus variados oponentes (desde religiosos a notables izquierdistas), sus libros copan los suplementos literarios, las reediciones se suceden y se traducen a numerosas lenguas.
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