[[Cyrus Longworth Lundell]] dio el nombre de ''Calakmul'' a este sitio, por la presencia de dos grandes montículos que dominaban el paisaje. En maya, ''Ca'' significa dos, ''Lak'' significa adyacente, y ''Mul'' significa un [[montículo]] o pirámide artificial, por lo que Calakmul es lasignifica "Ciudad de las dos Pirámides Adyacentes". En épocas recientes, gracias a los avances en la [[epigrafía]] Maya, sabemos que el nombre ancestral del sitio fue Ox Te' Tuun (tres piedras o tres estelas). Otro nombre relacionado al sitio en sus inscripciones, tal vez relativo al área circundante es Chiik Naab'. Los señores de Calakmul se identificaban a si mismos con el título de k'uhul kaanal ajaw (divino señor del reino de la serpiente). Todo parece indicar que Calakmul era la sede de la más poderosa confederación de ciudades estado mayas conocida, conocida como El Reino de Kaan. <ref>De serpientes y murciélagos: Identidades cambiantes en Calakmul, Simon Martin http://www.mesoweb.com/pari/publications/journal/602/DeSerpientes.pdf</ref>
