Se conoce que el motivo para que la organización fuera fundada con el nombre de ''The Onion'' (''La Cebolla'') se debe a que el tío de Tim Keck sugerió que le pusieran ese nombre al ver a su sobrino y a Cris Johnson (el otro cofundador) comerse un bocadillo de cebolla. El nuevo director de la empresa pasaba a ser Sean Mills quien en enero de 2009 dejó ''The Onion'' argumentando que había llegado la hora de un nuevo desafío.
En 1996, saliosalió un artículo pre-web escrito por [[Robert Siegel]] titulado "Clinton Implementa Vocales a Bosnia",<ref>{{Cita web|título = Clinton Deploys Vowels to Bosnia|url = https://web.archive.org/web/20000611034730/http://www.theonion.com/archives/vowels2816.html|fecha = Diciembre de 1995|fechaacceso = 19 de enero de 2016|idioma = en-US|sitioweb = theonion.com}}</ref> esto ayudó a estimular la creación de The Onion's Web Site ([http://www.theonion.com www.theonion. com]). El sitio web permitió a The Onion la reivindicación adecuadamente a el crédito de ese artículo y otros que se estaban pasando alrededor de una forma no atribuida en línea por diversos foros, mensajes y listas de correo, la publicación recibida amplio el reconocimiento mundial como resultado.<ref>{{Cita web|título = Award-Winning Local Journalists Reflect Own Self-Hatred Back on Nightmarish World*|url = http://archive.wired.com/wired/archive/7.03/onion.html|sitioweb = WIRED|fechaacceso = 19 de enero de 2016|idioma = en-US|autor = Liesl Schillinger}}</ref><ref>{{Cita web|título = Peeling the Onion|url = http://www.citypages.com/news/peeling-the-onion-6715697|sitioweb = City Pages|fechaacceso = 19 de enero de 2016|autor = Michael Tortorello}}</ref><ref>{{Cita web|título = A Funny Thing Didn't Happen on the Way to the Web|url = http://archive.wired.com/culture/lifestyle/news/1997/11/8518|sitioweb = WIRED|fechaacceso = 19 de enero de 2016|autor = Mike Tanner}}</ref>
El 18 de marzo de 1999, la pagina web de ''The Onion'' ganó su primer [[Premio Webby]] en la categoría de "Humor".<ref>{{Cita web|título = Digital Darlings Bask at Webbys|url = http://archive.wired.com/culture/lifestyle/news/1999/03/18591|sitioweb = WIRED|fechaacceso = 19 de enero de 2016|idioma = en-US}}</ref><ref>{{Cita web|título = The Onion {{!}} The Webby Awards|url = http://www.webbyawards.com/winners/1999/web/general-website/humor/the-onion/|sitioweb = webbyawards.com|fechaacceso = 19 de enero de 2016}}</ref>
