Fundado en [[1903]] como club deportivo, mantuvo dicha estructura hasta que la legislación española obligó a su transformación como [[sociedad anónima deportiva]] en [[1992]].<ref>{{cita web |url=http://hemeroteca.mundodeportivo.com/edition.html?bd=01&bm=07&by=1992&x=12&y=12 |título=Edición del miércoles 1 de julio de 1992 - Hemeroteca - MundoDeportivo.com |fechaacceso=28 de julio de 2015 |autor=MundoDeportivo.com |fecha=1 de julio de 1992}}</ref>
Desde [[2003]], el presidente de la entidad es el [[Productor de cine|productor cinematográfico]] [[Enrique Cerezo]],<ref name=Cerezo></ref> quien llegó al Atlético de la mano de [[Jesús Gil]] en [[1987]] como vicepresidente del club, cargo que ocupó durante 16 años, hasta su nombramiento como presidente en 2003.<ref name=Cerezo></ref> Ese mismo año, en [[2003]], tanto [[Jesús Gil]] como [[Enrique Cerezo]] fueron condenados penalmente por la [[Audiencia Nacional]] al quedar probado, en el llamado [[#Caso_Atl.C3.A9tico|Caso Atlético]], que cometieron un delito de [[apropiación indebida]] del club al adueñarse del 94,5% del capital social de la Entidad sin desembolso de dinero alguno durante el proceso de constitución delde clubéste en [[Sociedad Anónima Deportiva]] en [[1992]];<ref name=AN-ElPaís>{{cita web |url=http://elpais.com/diario/2003/02/15/deportes/1045263601_850215.html |título=La Audiencia quita el Atlético a Jesús Gil |fechaacceso=05 de julio de 2016 |apellido=Lázaro |nombre=Julio |fecha=15 de febrero de 2003 |sitioweb=elpais.com |ubicación=Madrid}}</ref><ref name=AN-ABC>{{cita web |url=http://www.abc.es/hemeroteca/historico-15-02-2003/abc/Deportes/gil-condenado-a-tres-a%C3%B1os-y-medio-de-carcel-y-a-devolver-las-acciones-del-atletico_162138.html |título=Gil, condenado a tres años y medio de cárcel y a devolver las acciones del Atlético |fechaacceso=05 de julio de 2016 |apellido=Colli |nombre=Nieves |fecha=15 de febrero de 2003 |sitioweb=abc.es |ubicación=Madrid}}</ref> sin embargo, la condena finalmente no pudo aplicarse debido a que el [[Tribunal Supremo]], en [[2004]], determinó que la [[Audiencia Nacional]] incurrió en un [[Invalidez del acto administrativo (España)|defecto de forma]] en la emisión de la sentencia condenatoria, de manera que, como consecuencia de ello, el delito cometido, jurídicamente, pasó a quedar prescrito, lo que significó que ni los herederos de [[Jesús Gil]] (en el momento de la publicación de la sentencia del [[Tribunal Supremo]], [[Jesús Gil]] ya había fallecido) ni [[Enrique Cerezo]] tuvieron que devolver las 236.056 acciones adquiridas fraudulentamente.<ref name=TS-ElPaís>{{cita web |url=http://elpais.com/diario/2004/07/09/deportes/1089324003_850215.html |título=El Supremo absuelve a Jesús Gil y a Cerezo de apropiación indebida |fechaacceso=05 de julio de 2016 |apellido=De la Cuadra |nombre=Bonifacio |fecha=09 de julio de 2004 |sitioweb=elpais.com |ubicación=Madrid}}</ref><ref name=TS-ABC>{{cita web |url=http://www.abc.es/hemeroteca/historico-09-07-2004/abc/Deportes/el-ts-declara-prescrita-la-apropiacion-indebida-en-el-caso-atletico_9622460456682.html |título=El TS declara prescrita la apropiación indebida en el «Caso Atlético» |fechaacceso=05 de julio de 2016 |apellido=Colli |nombre=Nieves |fecha=09 de julio de 2004 |sitioweb=abc.es |ubicación=Madrid}}</ref>
También desde 2003, [[Felipe VI de España|Felipe VI]], actual [[rey de España]], es presidente de honor del club.<ref name=FelipeVI></ref>
