Johnson fue seleccionado en la cuarta ronda (51vo en la general) del [[MLS SuperDraft 2010]] por el [[Chicago Fire]]. Fue el último jugador de la [[Generación Adidas]] en ser seleccionado en el draft. Debutó en la [[Major League Soccer|MLS]] el 1 de agosto de 2010, en la victoria 3-2 sobre [[Los Angeles Galaxy]], luego de haberse ganado el puesto de titular por encima de [[Andrew Dykstra]]. En su temporada de novato ganó en dos semanas consecutivas el premio de "Atajada de la Semana" de la [[Major League Soccer|MLS]].
El 3 de noviembre de 2011 se anunció que Johnson viajaría a [[Manchester]] para iniciar un periodo de prueba con el [[Manchester United]] una vez finalizada la temporada de la MLS.<ref>{{cita web|url=http://www.dailymail.co.uk/sport/football/article-2056999/Manchester-United-hand-trial-Chicago-Fire-keeper-Sean-Johnson.html|título=United offer Chicago keeper Johnson the chance to seal his American dream move|fecha=3 de noviembre de 2011|fechaacceso=13 de marzo de 2012|obra=The Daily Mail|idioma=inglés}}</ref> El 1 de diciembre de 2011, el Chicago Fire anunció que Johnson estaría entrenando con el [[Everton F.C.]] por una semana.<ref>{{cita web|url=http://www.goal.com/en-us/news/1110/major-league-soccer/2011/12/01/2783410/chicago-fire-goalkeeper-sean-johnson-will-spend-a-week-at|título=Chicago Fire goalkeeper Sean Johnson will spend a week at Everton learning under Tim Howard|fecha=1 de diciembre de 2011|fechaacceso=13 de marzo de 2012|obra=Goal.com|idioma=inglés}}</ref>
