Diferencia entre revisiones de «Montaje de secuencias»

En ensamblado de [[Marcador de secuencia expresada|ESTs]] difiere del ensamblado de genomas en varias características. Por ejemplo, los genomas tienen, a menudo, grandes cantidades de secuencias repetitivas, principalmente en las partes intergénicas. Puesto que las ESTs representan transcripciones génicas, no contienen estas repeticiones. Por otra parte, los genes se solapan a veces en el genoma ([[transcripción sentido-antisentido]]), y podrían ser todavía ensamblados idealmente de forma separada. El montaje de ESTs también es complicado por características tales como (cis-)[[splicing alternativo]], [[trans-splicing]], [[Polimorfismo de nucleótido único|polimorfismos de nucleótido simple]], [[recodificación]], y [[Modificación post-transcripcional|modificaciones post-transcripcionales]]. Estas diferencias hacen a las nuevas generaciones de ensambladores menos aplicables al ensamblaje de ESTs.

 

Dado un conjunto de fragmentos de secuencia, el objetivo es encontrar la supersecuencia común (o secuencia origen de los fragmentos) más corta: