[[Archivo:Sanmillan.012.jpg|thumb|200px|Monasterio de Suso (arriba) y Yuso (abajo).]]
[[Archivo:Escudo en Yuso.JPG|thumb|200px|left|Escudo de armas (Castilla, Borbón, Navarra y León) en el Monasterio de Yuso.]]
Según narran varias crónicas medievales y especialmente el ''Libro de la traslación y milagros de San Millán''<ref>{{cita libro|apellidos1=Asensio Jiménez|nombre1=Nicolás|título=Libro de la traslación y milagros de San Millán|fecha=2016|editorial=Ediciones Emilianenses|isbn=978-84-944886-0-3|url=http://www.edicionesemilianenses.com/traslacio.htm}}</ref>, la fundación de este monasterio fue fruto de la devoción que el rey navarro García III eraprofesaba muypor devoto de [[Millán (santo)|San Millán]]. Como acababa de fundar el gran [[monasterio de Santa María la Real de Nájera]] en esta ciudad que era Corte del reino, quiso llevarse allí los restos mortales del Santo, que estaban enterrados en el [[monasterio de San Millán de Suso]]. El [[29 de mayo]] de [[1053]]<ref name="Hergueta">{{cita libro |apellidos=Hergueta y Martín |nombre=Domingo |enlaceautor=Domingo Hergueta y Martín |editor=Unidad de cultura de la Excma. Diputación de Logroño |título=Noticias históricas de la muy noble y muy leal ciudad de Haro |edición=1979 |año=1906 |editorial=Ochoa |ubicación=Logroño |ISBN= 84-735-9062-7 |id=DL LO-271-1979 |páginas=87 |capítulo=V, Traslación de las reliquias de San Felices desde el castillo de Bilibio al Monasterio de San Millán de la Cogolla en 1090}}</ref> colocaron los restos del Santo en una carreta tirada por [[buey]]es y así emprendieron el viaje, con gran descontento de los monjes que allí quedaban desolados por la pérdida de su patrono. Cuando llegaron al llano, cerca del río, los bueyes se detuvieron y ya no quisieron volver a andar; no hubo forma de obligarlos. El rey y toda la comitiva comprendieron que aquello era un milagro, que San Millán estaba imponiendo su voluntad de no pasar de allí y ser enterrado de nuevo en aquellos lugares. Fue entonces cuando el rey mandó construir el reciente monasterio, al que se llamó ''Yuso'' (abajo), en contraposición con el de arriba (''Suso'').
Hasta al menos el año [[1100]], coexistieron los dos monasterios, el de arriba, Suso, y el de abajo, Yuso. El primero permanece fiel a la tradición: regla mozárabe y carácter dúplice de doble comunidad masculina y femenina. El segundo, reformado con la regla benedictina. A partir del siglo XII sólo hay una comunidad de monjes, la benedictina, con una casa principal, la de Yuso (abajo). Los siglos X y XI son los de mayor esplendor en lo espiritual, religioso, artístico y cultural.
