El Campeonato de Tercera División B 2016, correspondió al VIII torneo de la Tercera División B de la serie E del fútbol chileno y fue organizado por la Asociación Nacional de Fútbol Amateur de Chile (ANFA). Comenzó el 28 de mayo. En cuanto a las escuadras nuevas, estas fueron 9: Academia Fútbol Joven Quilicura, Provincial Ovalle, Buenos Aires de Parral, Campos de Batalla, Real Maipú, Deportivo Hirmas, Deportes Pirque, Deportivo La Granja y Municipal Santiago. Todos estos realizaron su debut en la Copa Absoluta 2016, mientras que los clubes Juventud Puente Alto y El Olam, quienes descendieron la temporada pasada, no fueron aceptados para este año. Además, para esta temporada no participaron los clubes Deportes Tocopilla, Gendarmería e Incas del Sur, quienes decidieron retirarse de la competición. Villa Ríos decidió no participar en la Copa Absoluta, por lo que tampoco estuvo presente en el Campeonato Oficial. Los clubes debutantes se sumaron a los restantes 17 provenientes de la temporada anterior, que en conjunto formaron la Tercera División B.
La competencia de Tercera División "B", se inició el fin de semana correspondiente al 28 de mayo del 2016, siendo la fecha de término, en el mes de diciembre.
Primera Fase: Los 26 equipos de la categoría se dividieron en 2 grupos: el Grupo Centro-Norte y el Grupo Centro-Sur , en donde se enfrentaron entre sí, en un total de 26 fechas (13 fechas por rueda) en ambos grupos. Finalizada esta fase, clasificaron los 3 mejores de cada grupo a la Segunda Fase. Los clasificados obtuvieron una bonificación de +3, +2 ó +1 puntos dependiendo de la posición en la que finalizaron en su grupo.
Segunda Fase: Los 6 clasificados se enfrentaron en un solo grupo, jugándose 2 ruedas de 5 fechas cada una. Al final de las 10 fechas, el equipo que resultó 1º del grupo, ascendió a la Tercera División A para el año 2017, llevándose además el título de Campeón; mientras que el equipo que terminó en 2º lugar, también ascenderió de forma automática a la Tercera División A, como el Subcampeón del torneo.
Descenso: Los últimos de cada grupo de la primera fase, desciendieron a su asociación de origen.
En el campeonato se observará el sistema de puntos, de acuerdo a la reglamentación de la Internacional F.A. Board, asignándose tres puntos, al equipo que resulte ganador; un punto, a cada uno en caso de empate; y cero punto al perdedor.
El orden de clasificación de los equipos, se determinará en una tabla de cómputo general, de la siguiente manera:
La mayor cantidad de puntos.
En caso de igualdad de puntos de dos o más equipos de un mismo grupo, para definir una clasificación, sea esta en cualquier fase, ascenso y descenso, se determinará de la siguiente forma:
La mayor cantidad de partidos ganados.
La mejor diferencia de goles.
La mayor cantidad de goles marcados.
La mayor cantidad de goles marcados como visita.
El que hubiera acumulado mayor puntaje en los enfrentamientos que se efectuaron entre los clubes que se encuentran en la situación de igualdad.
En caso de persistir la igualdad, se desarrollará un partido único en cancha neutral, determinada por la División (Art. 182 y 189 del Reglamento ANFA).
↑El club fue inscrito en el campeonato de Tercera División como Municipal Salamanca, a pesar de llamarse popularmenteBrujas de Salamanca. Su nombre, Municipal Salamanca se debe a que es la rama semiprofesional del club Brujas.
Chile
Provincial Ovalle 
Brujas de Salamanca 
Academia FJ Quilicura
Dalponte
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Campos de Batalla
Cultural Maipú
Curacaví FC
Escuela de Fútbol Macul
Ferro Lampa
Provincial Marga Marga
Uhlsport
Pudahuel Barrancas
Macron
Quintero Unido
Nike
XXImo
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Unión Casablanca
Unión Compañías
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Brisas del Maipo
Buenos Aires
Néstor Zanatta
Deportes Pirque
Deportes Tomé
Deportivo Hirmas
Deportivo La Granja
Mitre
Enfoque
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Ferroviarios
Jireh FC
Luis Matte Larraín
Municipal Santiago
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Real Maipú
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San Bernardo Unido
Fecha de actualización: 22 de octubre de 2016
Cultural Maipú
Municipal Santiago